A területfejlesztési törvény megújítása 1999 októberében történt meg (1999. évi XCII. törvény), s ezzel a hazai területi politikában az átmenet a harmadik szakaszába lépett. A módosítás célja egyrészt a regionális szint erősítése (a korábbi regionális kezdeményezéseket a törvény megerősítette, így hét tervezési-statisztikai régiót határolt el), másrészt a törvényességi ellenőrzés érvényesítése s végül a megváltozott politikai értékrend alapján a területfejlesztés szereplői képviseletének átalakítása az intézményrendszerben. A területfejlesztési törvény alapján kiemelt térségként101 (10.6. ábra) felállt a Balatoni Fejlesztési Tanács (2000)102 és a Budapesti Agglomerációs Fejlesztési Tanács (1997, 2004).103 Az előremutató módosítás legtöbb vitát kiváltott pontjai éppen a partnerségről szólnak. A gazdasági kamarák, illetve a munkavállalók érdekképviseletet, a kistérségek pedig megfelelő (teljes jogú) képviseletet kaptak a korábbi megyei és regionális területfejlesztési tanácsokban. Az elfogadott módosítás visszaszorította a gazdasági kamarák és a munkavállalói érdekképviselői szervezetek szerepét, hiszen azok ettől kezdve csak tanácskozási joggal rendelkezhettek. A kistérségi képviselők száma szintén csökkent, ami a területfejlesztés alsó, ám legaktívabb szintjének szerepét mérsékelte. Nőtt viszont a kormányzati képviselet a minisztériumok, illetve egyes dekoncentrált szervek teljes jogú tagsága révén, valamint a megyei jogú városok helyzete is kedvezően rendeződött. Ugyanakkor a miniszteriális képviselet gyakorlati elosztása pártpolitikai elvek (pártok delegáltak helyi, térségi képviselőket a minisztériumok helyén) szerint történt, és nem jött létre közvetlen kapcsolat a főhatóságokkal.