A területi egységek működése, fejlesztése csak akkor valósulhat meg – és csak akkor érvényesülhet a szubszidiaritás elve –, ha a szereplők folyamatosan és rendszeresen együttműködnek, közöttük célorientált kapcsolatok alakulnak ki, azaz érvényesül a partnerség elve (partnership principle) (Sarudi 2003). A partnerség elve együttműködést jelent a különféle szintek (EU, ország, régió, település) és az egyes szintek szereplői között, a célkitűzésektől egészen az intézkedések megvalósításáig (Rechnitzer 1998b). A partnerség a jó kormányzás (good governance) alapeleme, jóval több, mint pusztán megvalósítási technika, hiszen a partnerség elve által megkövetelt együttműködések a programozás minden fázisára – a tervezésre, az előkészítésre, a finanszírozásra, a végrehajtásra és a monitoringra egyaránt – kiterjednek (Delmartino 2007; Forman 2001). A partnerség vertikális és horizontális metszetben egyaránt értelmezhető. A vertikális partnerség a négy döntéshozatali szint – a helyi, a regionális, a nemzeti és a közösségi szint – összefogását, célkitűzéseinek összehangolását foglalja magába. Egyik szint sem cselekedhet tehát önállóan, a többitől függetlenül; a siker érdekében minden szereplőt mobilizálni kell (Delmartino 2007; Forman 2001; Sarudi 2003). A horizontális partnerség egyrészt az egymással egyenrangú területi szintek (település–település, régió–régió) együttműködését jelenti, ami például egy közös stratégia kialakításában és annak végrehajtásában nyilvánulhat meg. A regionális fejlődéshez azonban a formális szereplők, döntéshozók mellett a helyi gazdasági és társadalmi szereplők bevonása is szükséges, ami a horizontális partnerség másik aspektusát jelenti (Forman 2001; Sarudi 2003). A 2007-től érvényes szabályozás kiterjesztette a partnerség elvét, aminek következtében a – bizonyos kritériumoknak megfelelő – civilszervezetek, a környezetvédelmi partnerek, a nem kormányzati szervezetek, valamint a nők és férfiak közötti egyenlőség előmozdításáért küzdő szervezetek már nemcsak a programok lebonyolításában, hanem a Strukturális Alapok felhasználásáról szóló tárgyalásokban, valamint a programtervezés összes fázisában is részt vehetnek (A kohéziós… 2007). Az újonnan bevezetett Európai Területi Együttműködési Csoportosulás (European Grouping of Territorial Cooperation, EGTC) kiváló példája a helyi és regionális szintű horizontális együttműködésnek (Delmartino 2007), a partnerség elve érvényesülésének.