A fragmenskönyvtárak és HTS-könyvtárak szűrése közti alapvető különbség a várható aktív molekulák affinitásbeli eltéréséből adódik. A jóval több potenciális kölcsönhatási ponttal rendelkező vezérmolekula-szerű anyagoknál (lead-like) kisebb fragmensmolekuláktól a legtöbb esetben nem várhatunk el hasonló affinitást, ezért a hidrofil fragmenseket olyan tömény oldatban kell szűrni, ami a legtöbb esetben meghaladja a HTS-alkalmazásokban szokásos biokémiai szűrés koncentrációtartományát, és így a nagyobb koncentrációra kevésbé érzékeny biofizikai módszereket igényel. A 3.3.2.1 fejezetben korábban bemutatott összefüggés következtében fragmensek millimoláris koncentrációtartományban való vizsgálatára a röntgendiffrakciós és NMR-módszerek a legelterjedtebbek. Népszerűségük annak is köszönhető, hogy mindkét megközelítés atomi szintű információt szolgáltat a molekula és a célpont kölcsönhatásainak részleteiről, ami a fragmenstalálatok kiértékelésénél és rangsorolásánal, valamint az optimálás során értékes, sokak által elengedhetetlennek tartott, segítséget nyújt. Az elmúlt 5 évben az SPRmódszer is egyre népszerűbbé vált elsődleges és másodlagos szűrések esetében. A módszer jelentős hátránya, hogy nem ad információt az aktív molekulák kölcsönhatásainak részleteiről, és bár nagy koncentrációtartományban is eredményes, a hamis pozitív találatok előfordulása gyakori. A hiányosságok kiküszöbölése végett az SPR segítségével azonosított aktív fragmenseket gyakran röntgendiffrakciós vagy NMR-megerősítésnek vetik alá. Ezért az SPR gyakorlatilag előszűrőnek is tekinthető, amivel a röntgendiffrakciós és NMR-vizsgálatok nagyobb időigényéből, magasabb költségéből és viszonylag korlátozott áteresztőképességéből fakadó hátrányokat lehet enyhíteni. A biofizikai szűrések egyik legnagyobb hátránya a vizsgálható fehérjecélpontok korlátozottsága: membránfehérjék, GPCR fehérjék (G-protein kapcsolt receptorok) ezekkel a módszerekkel általában nem vizsgálhatók. A nagy méretű fehérjék az NMR-vizsgálatok szempontjából jelentenek gondot, és jelenlegi ismereteink nem teszik lehetővé az összes célpontként számításba jöhető fehérje kristályosítását sem. Továbbá, egy korábban ilyen módszerrel nem vizsgált fehérje röntgendiffrakciós vagy NMR-módszerrel történő fragmens szűrése jelentős gyakorlatot, időt és befektetést igényelhet.