Számos irodalmi adat arra enged következtetni, hogy a fragmensek szűrése biokémiai módszerekkel is megvalósítható. Sőt, az első fragmenstalálatokat bemutató publikációk egyike spektrofotometriás ATPáz-tesztet használt a fragmensek szűrésére (Boehm és mtsai 2000). Ennek ellenére az elsődleges szűrések esetében a biokémiai tesztek népszerűsége messze elmarad az NMR- és röntgendiffrakciós módszerekétől. Ennek két fő oka van. Egyfelől a fragmensek várható gyenge aktivitása nagy koncentrációtartományok használatát igényli, ami számtalan jelentős kihívással nehezíti a szűrést és az aktívak validálását. A szűrési koncentrációtartomány általában 20 és 500 µM között változik, amit a fehérje típusa, a biológiai teszt jellege, minősége és DMSO-toleranciája, valamint a várható sikerarány befolyásol. Másfelől az irodalomban ma meghatározó nézet szerint a fragmenstalálatok optimálásához szükség van a kindulópontok kötődésének részletes, atomi szintű ismeretére, amit csak az NMR vagy röntgenszerkezet szolgáltat. Ezek szerint tehát ha amúgy is szükség van ezeknek a biofizikai módszereknek a segítségére, akkor azokat akár elsődleges szűrésre is lehet használni, így a korábban említett nagy koncentráció okozta nehézségeket segítségükkel el lehet kerülni.