Az egyetemek általában négy karból (facultas) álltak. Ezek közül messze a leglátogatottabb az a kar volt, melyet a legfiatalabbak végeztek el, a Szabad Művészetek Kara. (A hét szabad művészet a következő volt: grammatika, dialektika, retorika, geometria, aritmetika, asztronómia és muzsika.) Általában tizennégy éves kortól húszéves korig jártak ide. A második év végén kapták meg az ún. baccalaureatus fokozatot (latin nyelvekben ebből származik a mai érettségi szó), a teljes hat év végén pedig a magasabb, az ún. doctoratus fokozatot. A Szabad Művészetek Karának diákjai és tanárai, aszerint, hogy melyik országból érkeztek, külön szervezetekbe, ún. akadémiai nemzetekbe tömörültek, melyek élén külön elöljárók, a címzetes magiszterek által választott prokurátorok álltak. Ennek a karnak az elvégzése után következhetett az orvosi vagy jogi kar, nagyjából huszonöt éves korig. A negyedik kar a teológia volt, melyet felnőtt fejjel végeztek el, és a legmagasabb képesítést adta. Minden kar élén címzetes magiszterek (régens) állottak, élükön a dékánnal. A Szabad Művészetek Kara élén eredetileg a rektor állt, később ő vezeti az egész egyetemet. A rektort a magiszterek negyed évre választották, később azonban újra lehetett választani. Széles hatáskörrel irányított, gyakran maga szabta meg például az egyetemi szabályzatot.