Van még egy érdekes kérdés, amit csak az archeogenetika, a régészeti genetika válaszolhat meg. Európában, Kelet-Ázsiában és gyakorlatilag mindenütt másutt az előemberek, az archaikus hominidák kb. 40 ezer évvel ezelőttig éltek, amikor is az anatómiailag modern emberek megjelentek. Mivel a modern ember Afrikát elhagyva biztosan találkozott a Föld eltérő területein élő archaikus hominidákkal, felmerül a kérdés, hogy a genomikai adatok alapján volt-e keveredés közöttük. A genetika csak az utóbbi néhány évben jutott el technológiailag arra a szintre, hogy elkezdhesse a kérdés tanulmányozását. Kiderült ugyanis, hogy genetikai vizsgálatokat nemcsak a ma élő egyénektől nyert DNS-en lehet végezni, hanem DNS izolálható az ősi régészeti leletek csontjaiból is. A Neander-völgyi hominidáktól származó csontok mitokondriális DNS-ének és a modern emberi mitokondriális DNS-szekvenciáknak az összehasonlítása bizonyította, hogy a két faj genetikailag, legalábbis a mitokondriális DNS szintjén nem keveredhetett egymással. Ezt az állítást tovább erősíti az a tény, hogy míg az Európában talált legrégebbi, anatómiailag modern emberi maradványok, a crô-magnoni (mintegy 28 ezer évvel ezelőtt élt) emberek csontjaiból nyert mitokondriális DNS-szekvenciák megtalálhatók a mai európaiaknál, addig azok lényegesen eltérnek a Neander-völgyi szekvenciáktól. Nincs nyoma tehát a multiregionális hipotézis által feltételezett genetikai kontinuitásnak a Neander-völgyiek és a modern ember között. A Homo sapiens sapiens és az archaikus hominidák teljesgenom-szintű összehasonlítása viszont érdekes adatokkal szolgált.