A morfológiának a szintaxissal és fonológiával szemben nincs a morfológiai jelenségek egészét felölelő elmélete. Ez egyaránt vonatkozik mind a generatív, mind pedig a nem generatív morfológiai elméletekre. A fonológiai elméletek többsége a morfológiához is hozzászólt (lexikális fonológia, autoszegmentális fonológia, kormányzásfonológia, metrikus fonológia, természetes fonológia), mégpedig nem mindig csak a két diszciplína kapcsolatrendszerét illetően. A lexikális fonológiának például pontos elképzelései voltak arról, hogy a szóképzés és a fonológia hogyan működik együtt a szavak létrehozásában. Ez az együttműködés feltételezi, hogy a morfológia lényegében konkatenatív, és hogy a toldalékok teljes alakjukban szerepelnek a szótárban. Az autoszegmentális fonológia olyan nyelvek morfológiájának a leírására bizonyult gyümölcsözőnek, amelyekre a gyökalapú ragozás, ill. szóképzés a jellemző (pl. arab, héber), ill. amelyekben fontos szerepet játszik a reduplikáció (pl. ógörög, tagalog). Kiterjesztése a konkatenatív morfológiával rendelkező nyelvek leírására igazából nem indokolt. Az autoszegmentális morfológia az autoszegmentális fonológiának a morfológiában való alkalmazása. Mivel a fonológiával össze nem függő morfológiai jelenségekkel nem foglalkozik, nem tekinthető morfológiaelméletnek. A kormányzásfonológia és a természetes fonológia az autoszegmentális fonológiához hasonlóan elsősorban a morfofonológiai jelenségek leírása esetében hasznosítható. A metrikus fonológia olyan esetekben szól hozzá a morfológiához, amikor morfológiai szabályok a szótagszerkezettel függnek össze. A morfofonológia mint a morfológia és a fonológia kapcsolatrendszerének tudománya természetesen mindig az alkalmazott fonológiai elmélet függvénye, minden új fonológiaelmélet elsősorban a morfofonológia terén igyekszik létjogosultságát bizonyítani. A morfofonológiára korlátozódó elméletek bemutatásától eltekintünk.