A koordináták kiszámítása korábban ventrikulográfia alapján az AC–PC síkra vonatkoztatott atlaszok használatával történt, de az 1990-es évek közepétől a nagy felbontású CT-vezérlés noninvazív és precíz koordináta-meghatározást tett lehetővé. A stereotaxiás atlaszok hibái a fixálás okozta kiszáradásból és a vékony metszetek torzulásából is adódnak[5]. A jelentős anatómiai variabilitást MR-tanulmányok igazolják: a célpont sok esetben távol volt a klasszikusan definiált helyzettől[6], ezért az átlaganatómia helyett inkább az egyéni anatómián alapuló célpont-meghatározás célszerű. Az anatómiai variabilitás a thalamusban is kifejezett, de a GPi és az STN területén jelentősebb, ezért sokat jelent az MR-vizsgálat részletgazdagsága[7]. A törzsdúcok anatómiája részleteiben vizsgálható MR-rel, főként a 3 T térerejű és annál erősebb készülékeken, speciális beállítások alkalmazásával[8, 9]. A tisztán MR-alapú koordináta-meghatározás pontosságát vitatják, főként a markerek helyén perifériásan nagyobb fokban jelentkező mágneses térnek az inhomogenitásból és kémiai okokból adódó disztorziója miatt[10]. A tévesztés az x, y és z tengelyeknek megfelelően akár 2,7 mm, 7,0 mm és 8,0 mm lehet[11]. A CT-alapú koordinátáktól 4–8 mm eltérést is leírtak[12]. A korrekció elvégezhető készülékre vonatkozó egyedi szoftverrel[10, 13]. Ennek ellenére jó eredményekről számolnak be direkt MR-célzás alkalmazásával is[14, 15], ilyenkor felértékelődik a mikroelektródás regisztráció (MER) szerepe.