Az előző korszak végét jelképesen Balassi Bálint halála jelöli ki. 1594-ben esett el Esztergom alatt, az egy évvel korábban meginduló nagy törökellenes hadjárat egyik első jelentősebb várostromában. A Habsburg-monarchia és az Oszmán Birodalom között dúló tizenöt éves háború (1593–1606) egyik fél számára sem hozott átütő eredményeket, annál több pusztítást okozott a hadszíntérré váló magyar területeken. A végvári rendszer nagy erődítményei: Veszprém, Fehérvár, Győr, Tata, Esztergom, Pest, Eger stb. súlyos ostromokban cseréltek gazdát, némelyikük rövid időn belül többször is. Az elhúzódó harcok különösen sok kárt okoztak az erdélyi fejedelemségben. A Habsburgokkal szövetséget kötő, majd a hatalmáról többször is lemondó Báthory Zsigmond uralma pusztító polgárháborúba fulladt. A több évig tartó anarchikus állapotoknak a törökök támogatását maga mögött tudó Bocskai István mozgalma vetett véget. A török háborúkat és a Bocskai-felkelést lezáró békerendszer határozta meg a következő évtizedek politikai kereteit. Az ország három részre szakadt állapota nem szűnt meg, de az Oszmán Birodalommal hosszú évtizedekre békeszerződés lépett életbe. A prágai Hradzsinba zárkózott, elborult elméjű Habsburg uralkodót, II. Rudolfot belső palotaforradalom tette le a trónról. A helyébe lépő II. Mátyás a magyar országgyűlés támogatásával tehette a fejére a magyar koronát, cserébe ígéretet tett a szabad vallásgyakorlás és egy sor rendi kiváltság biztosítására.