A költségvetési szerveknek a leltározásra vonatkozó eljárási és egyéb szabályokat az Szt. 69. §-ában foglalt előírások szerint kellett kialakítaniuk. Az Áhsz.-ben 2016. évtől ezt a jogszabályi hivatkozást pontosították, így az Szt. 69. § (4) bekezdésében foglaltakat a költségvetési szervek nem alkalmazhatják a leltározási szabályaik kialakításánál. Ez a kimaradt hivatkozás arra az esetre vonatkozott, hogy mit kell tennie a vállalkozásnak abban az esetben, ha nem vezet mennyiségi nyilvántartást az eszközeiről. A költségvetési szerveknél – ahol ez lehetséges – kötelező az érintett eszközökről mennyiségi nyilvántartást vezetni. Célszerű itt ismételten áttekinteni a költségvetési szervekre vonatkozó leltározási előírásokat. Ennek megfelelően a költségvetési szerveknek azokat az eszközeiket, melyeket mind mennyiségben, mind értékben nyilvántartanak, azoknál a leltározást mennyiségi felvétellel kell végrehajtani, legalább háromévenként. Itt az Szt. nem tiltja, hogy a leltározást évente, vagy kétévente végezze a költségvetési szerv, és nem írja elő ennek a leltározási feladatnak a fordulónapját sem, ezeket a költségvetési szervnek kell eldöntenie, és a megfelelő szabályzatokban rögzítenie. Így a költségvetési szervnek kell döntenie, hogy a mennyiségi felvétellel történő leltározásba tartozó eszközeinél, milyen gyakoriságot és milyen fordulónapot határoz meg. Nem kötelező a teljes mennyiségi felvétellel történő leltározást egy fordulónapon végrehajtani, így nem kötelező a december 31-ei fordulónap alkalmazása sem. Ha a költségvetési szerv például a készleteinél eddig minden évben december 31-ei fordulónappal leltározta a raktári készleteket, azt nem kötelező megváltoztatni, de nem is tilos. Ha a költségvetési szerv úgy dönt, hogy a jövőben a gépek, felszerelések és berendezések eszközcsoporton belül külön kialakított csoportokban eltérő leltározási időpontokat jelöl ki, ezt is megteheti. Ehhez semmilyen külön engedély nem szükséges. A leltározás másik lehetséges és az Szt. által előírt módszere az egyeztetéssel történő leltározás, melyet azoknál az eszközöknél és forrásoknál kell alkalmazni, melyek nyilvántartása csak értékben történik. Itt már a leltározás fordulónapját az Szt. kötelezően az ún. üzleti év fordulónapjában határozta meg, és a költségvetési szervek esetében sem ad az Áhsz. ez alól felmentést. Így a leltározási munkákat úgy célszerű megszervezni, hogy az év végi feladatok közé ezek az egyeztetéssel történő leltározások időben is beilleszthetőek legyenek. Az egyeztetéssel történő leltározás módszerét a költségvetési szervnek saját hatáskörében kell eldöntenie. A számviteli joganyagok erre vonatkozóan kötelező előírásokat nem tartalmaznak, csak a vonatkozó szakirodalmakban lehet erre vonatkozó utalásokat találni. Ilyen egyeztetési módszer lehet többek között: személyes egyeztetés, egyeztető levelek megküldése, a részletező (analitika) nyilvántartások adatainak az alapdokumentációval történő összehasonlítása. Egy-egy eszköz, illetve forráscsoporton belül több módszer is alkalmazható, de ezt a szabályzatoknak megfelelő módon tartalmaznia kell. A leltározási módszerek kialakításánál nem szabad megfeledkezni arról, hogy a költségvetési szerveknek nem csak azokat az eszközöket és forrásokat kell leltározniuk, amelyek a mérlegükben is megjelennek, hanem a kötelezettségvállalásokat (0021. ellenszámlával szemben elszámolt kötelezettségvállalások), kizárólag mennyiségben nyilvántartott eszközöket, a 01–04. nyilvántartási számlákon kimutatott tételeket.