A sztoikus fizika metafizikai kérdések tárgyalását is tartalmazza. Tekintsük át először a sztoikus ontológia alapvonalait (a vonatkozó szövegekhez lásd LS 27–29). Platónnál A szofistában (247D sk.) felmerül egy kritérium a létezők elhatárolására, mely szerint az van, ami hatni vagy hatást szenvedni képes. E kritérium ott a testetlen létezők elfogadása mellett szolgáltat érvet: a lélek és az erények testetlenek, hol megjelennek a testben, hol eltávoznak belőle. A sztoikusok átveszik a lét kritériumát, ám feltételezik, hogy csak testek képesek hatni, illetve hatást szenvedni. Ezért a lelket testnek tartják, sőt az erényeket is a materiális lélek diszpozíciójaként értelmezik. Egy létezőn belül négy réteget különítenek el. Ezt a felosztást hagyományosan „sztoikus kategóriaelmélet” néven emlegetik, noha ezek a nemek más viszonyban állnak egymással mint Arisztotelész kategóriái. A szubsztancia (úszia) a sztoikusok szóhasználatában a dolgok anyagát jelenti, amely cserélődhet anélkül, hogy az illető dolog elvesztené önazonosságát. A minőség (poion) az a strukturális elem, amely a dolog identitását megadja. A szubsztancia és minőség megkülönböztetése olyan paradoxonok megoldására szolgál, mint a „Thészeusz hajója”: a hajó akkor is ugyanaz marad, ha a századok során minden egyes deszkáját kicserélik. A harmadik nem a diszpozíció (pósz ekhon), mely további megkülönböztető jegyet ad egy már valamilyen, struktúrával bíró dolognak: ilyenek például a lélek tulajdonságai. Végül pedig ott a relatív diszpozíció (prosz ti pósz ekhon), melybe a dolog valami máshoz viszonyított – azaz nem belső – meghatározottságai tartoznak (pl. „szomszédja valakinek”). A „létező” nem a legáltalánosabb nem a sztoikusok rendszerében, hanem a „valami” (konkrét, meghatározott dolog) alá tartozik. A testek, a létezők mellett „fennállnak” (hüphisztanai, lat. subsistere) testetlen dolgok, nem létezők is: a már említett lektonok (a mondatok és predikátumok jelentései), valamint a hely, az idő és az űr. A testetlen dolgok nem vehetnek részt kauzális folyamatokban, nem gyakorolnak és nem szenvednek hatást, ugyanakkor objektív státusuk van, nem pusztán az emberi elme alkotja meg őket. Ugyanezt a létmódot, a fennállást tulajdonítják a sztoikusok a képzelet szüleményeinek és a geometriai határoknak, bár ezek nem szerepelnek a testetlen dolgok típusainak áttekintéseiben. Az univerzálékat viszont még a „valami” kategóriájából is kizárják (szövegek: LS 30). „Az ember halandó élőlény” típusú mondat alanya, az „ember” nem platóni idea, hanem „kvázi valami”, az elme fogalma (ennoéma). Az univerzálék felosztásai és meghatározásai a sztoikusok szerint kondicionálisokat rövidítenek (pl. az előbbi mondat értelme: „ha x ember, akkor x halandó élőlény”).