Kölcsönhatás létezik a mikrobiom összetétele és a táplálékkal bevitt anyagok lebontása között. A növényi sejtfal összetételében jelentős részt képeznek a növényi rostok. Ezek a növényi rostok növényi eredetű táplálékok elfogyasztásával kerülnek az emberi szervezetbe. Oldható és oldhatatlan formájuk létezik. Az oldhatatlan rostokat a bélmikrobióta nem képes megemészteni. Az oldható rostok, mint a pektinek, az amilázzal emészthetetlen keményítők, a lignánok a bélmikrobióta által rövid láncú zsírsavakká alakulnak. Az ilyen típusú rostok az articsókában, a hagymában, a banánban, a gombákban, a babban és a csicseriborsóban találhatók. A magas koncentrációjú oldódó rostot tartalmazó táplálék elősegíti a bifidobaktérium és a gyulladásellenes Faecalibacterium prausnitzii növekedését. A növényi rostokból az ezen baktériumok által termelt rövid láncú zsírsavak viszont a bélhámsejtek számára fontos energiaforrásként szolgálnak. Az előbb említett baktériumok egy másik fontos tevékenységükkel növényi rostokból növényi eredetű ösztrogéneket termelnek, amelyek gyorsan felszívódnak a véráramba. A véráram növényi eredetű ösztrogéntartalma csökkenti az emlőrák előfordulási gyakoriságát. A csökkenés igen nagy mértékű, amit az is bizonyít, hogy azokban a klimaxot még el nem ért nőkben (6000 egyén), akik heti három alkalommal növényi rostokban gazdag táplálékot fogyasztottak, az emlőrák rizikója 50%-kal csökkent. Egy 35 000 résztvevővel végzett vizsgálat hasonló megállapításra jutott, azzal a finomítással, hogy a teljes kiőrlésű gabonából származó növényi rostok nagyobb hatással csökkentik az emlőrák rizikóját. A nőkben a petefészekben történik az ösztrogéntermelés, méghozzá a telített zsírsavakban található koleszterinből. Az ösztrogén vagy kötött állapotban, vagy szabadon kering a véráramban. Az ösztrogének hatástalanítása a májban zajlik, ahonnan egy kémiai módosulás után az epesavakkal együtt a vékonybélbe választódik ki. Ezeknek a kémiailag módosított ösztrogéneknek a további sorsa a bélben, a bélmikrobióta összetételétől függ. Azoknál az egyéneknél, akiknél a bélflóra baktériumai képesek a kémiailag módosított ösztrogénekből ösztrogént felszabadítani, a szabad ösztrogén visszakerül a véráramba, míg azoknál, akiknek a bélflóra összetétele ezt a szétválasztást nem végzi el, az ösztrogén a széklettel kiürül. A véráram magas ösztrogéntartalma klimax utáni nőkben fokozza az emlőrák előfordulási gyakoriságát. Kövér emberekben eltolódik a bélflóra összetétele a Bakteroidetes baktériumtörzs kárára. Egyes spekulációk szerint az egészségtelen nyugati diéta megzavarja a bélflóra baktérium-egyensúlyát, és hozzájárulhat a nyugati világ járványszerű elhízási tüneteihez. A mikrobiom egyensúlyának megbomlása és a Coli, Klebsiella enterobaktérium-törzseknek a Bakteroidetes törzs kárára történő felszaporodása hatással van a szervezet immunrendszerére is.