Miután a fertőzések kialakulásának alapvető követelménye az egyén fertőző ágensekkel történő találkozása, a fertőző betegségeket szokás volt kizárólag környezeti ártalmakként beállítani. Az ugyanazzal a mikrobával fertőzött egyénekben vagy populációkban kialakuló klinikai sokféleség felveti a fertőzések patogenezisének átértékelését. Mind epidemiológiai, mind kísérleti adatok bizonyítják, hogy a genetikának alapvető szerepe van a folyamatokban. Az egyéni fertőzéshajlamban vagy rezisztenciában részt vevő genetikai variációk öröklődésének spektruma igen széles – a mendeli öröklésmenetet mutató monogénes mintázattól a poligénes öröklődésig terjed. Az egyénekben meglévő, fertőzésekre hajlamosító gének általában alacsony penetranciájúak, azaz egyenkénti betegségokozó képességük igen alacsony. A hajlamosító allélok megléte nem jelenti azt, hogy a hordozó egyén biztosan mutatni fogja a csökkent ellenállás klinikai tüneteit. Ehhez a hajlamosító gének mellett káros környezeti hatások együttléte is szükséges. Ebben az esetben a környezet tágabb értelemben értendő, magában foglalja az intrauterin, a táplálkozási és a lakókörnyezet együttes hatását. A hajlamosító gének és a környezet viszonyát a megtöltött fegyverhez és annak ravaszához hasonlíthatjuk. A töltött fegyver, bár potenciális veszélyt jelent, önmagától nem sül el, csak a ravasz meghúzása után. A szervezetben olyan védőmechanizmusok is működnek, amelyek minimalizálják a környezetből a szervezetet folyamatosan támadó fertőző ágensek patogenitását. A környezeti genomika célja azon allélok megismerése, amelyek a detoxifikáló enzimek, a jelátviteli és a metabolizmus-rendszerek részeiként ebben a mechanizmusban részt vesznek.