A Charta megvalósítását egy tizenegy tagú bizottság, Az ember és népek jogainak afrikai bizottsága (továbbiakban Afrikai bizottság) ellenőrzi. A gambiai Banjul székhelyű testületet 1987. november 2-án hozták létre. A bizottsági tagokat egyéni minőségükben az AU Állam- és Kormányfőinek Közgyűlése választja meg a részes államok által jelölt személyek közül. A tagállamok legfeljebb két jelöltet állíthatnak, akik valamely tagállam állampolgárai, de egyikük nem lehet saját állampolgár. A választásnál a részes államok figyelnek a földrajzi és nemi arányokra, és ma már úgy tűnik, minden nyelv egyenlően reprezentált szemben a korábbi gyakorlattal, hogy a francia és arab nyelvű országokat favorizálták. A tagokat hatéves terminusra választják és újraválaszthatók. Az afrikai valósághoz tartozik, hogy volt rá példa, hogy egy bizottsági tag sokáig nem vett részt a munkában, nem teljesítette kötelességét. Ekkor a bizottság elnöke erről értesítette az Afrikai Unió Bizottságát, amelyik üresnek nyilvánította helyét. Évente kétszer, általában márciusban/áprilisban és októberben/novemberben találkoznak 10 napos rendes ülésszakon. Ezek közötti időben is tevékenykednek a bizottság tagjai, amiről rendszeresen beszámolnak. Ha a körülmények megkívánják, rendkívüli ülésszakot is tarthat a Bizottság. Az első rendkívüli ülésszakot 1989. június 13–14-én a gambiai Banjulban tartották, ahol a Bizottság működéséhez szükséges munkamódszerekről és adminisztratív ügyekről tárgyaltak. A második az ugandai Kampalában 1995. december 18–19-én volt a Burundiban és Nigériában tapasztalható emberi jogi helyzet megtárgyalására. Ugyanis a nigériai katonai kormány Ken Saro-Wiwát és nyolc társát a nemzetközi közvélemény elítélése ellenére kivégeztette. A Bizottság megállapításai a nigériai helyzetről és a kormány erre adott válasza nyilvánosságra kerültek, ami fontos újdonság volt. A kormány azt állította, hogy a Bizottság túllépte hatáskörét, mert egyrészt határozatot hozott Nigériáról, másrészt néhány kapcsolódó panaszt is közzétett. A Bizottság szerint azonban a határozat nem jelent az 59. cikkben meghatározott „intézkedést”, a panaszt pedig nem közölték addig, amíg az AESZ a nyolcadik éves jelentést jóvá nem hagyta. A harmadik rendkívüli ülésre a dél-afrikai Pretoriában 2004. szeptember 19-én került sor a dárfúri (Szudán) helyzet megtárgyalására.