Az Afrikai charta 47. cikke létrehozza az államok közötti panaszmechanizmust, amely a kétoldalú tárgyalásokba vetett bizalmat mutatja. A panaszokat meglehetősen bizalmasan kezelik. Ha a Charta részes állama panaszt nyújt be a Bizottságnak, hogy egy másik részes állam megsértette a Charta rendelkezéseit, akkor két eljárásra van lehetőség. Az egyik (48. cikk) szerint közvetlen tárgyalásos úton rendezik az ügyet, amennyiben kielégítő magyarázatot vagy választ kap a másik államtól. Az érintett államnak három hónapja van a válaszra, amelynek „tartalmaznia kell a lehető legtöbb lényeges információt az alkalmazott és alkalmazható törvényekre és szabályokra, valamint a már igénybe vett jogorvoslatra vagy a lehetséges eljárásokra vonatkozóan”. Ha letelik ez az idő válasz nélkül, és nem tudták rendezni az ügyet tárgyalások útján, akkor bármelyik államnak joga van a kérdést a Bizottság elé terjeszteni annak elnökén keresztül. A másik eljárás szerint – ha egy állam nem akar bilaterális tárgyalásokba bocsátkozni a bepanaszolt állammal – közvetlenül a Bizottsághoz fordulhat a Bizottság elnökén keresztül, az AU főtitkárához és az érintett országhoz is eljuttatva a panaszt. Eltérően az egyéni panasztól, kifejezetten a Bizottság elnökének kell címezni a panaszt, és kifejezetten a bepanaszoló állam köteles értesíteni a bepanaszolt államot ahelyett, hogy a Bizottság tenné. Mindkét eljárásra csak a helyi jogorvoslat kimerítése után kerülhet sor, hacsak nem a Bizottság számára is nyilvánvaló, hogy a jogorvoslat észszerűtlenül elhúzódna. Az államok közötti panaszmechanizmust eddig még nem használták.