Míg Mohács évszázada a német területekhez hasonlóan Magyarországon is joggal tartható a „reformáció századának”, a vallási viszonyokban a 17. század is alapvető átalakulást hozott. A reformok (mondhatnánk a „katolikus reformáció”) a katolikus egyházat is elérték, méghozzá a reformációval egy időben, bár ennek első komolyabb eredményei, főként a tridenti zsinat hatására, csupán a 16. század utolsó harmadában jelentkeztek. Az újabb egyháztörténeti kutatások ezért a protestantizmushoz hasonlóan a felekezetszerveződés (az említett konfesszionalizáció) szerves részének tartják a kora újkori katolicizmust is. A 17. század második felére ugyanis ez csaknem annyira különbözött a késő középkori keresztény egyháztól, mint a protestáns felekezetek.191 Bár a magyar történetírás ez ideig – a rendek és az udvar kapcsolatához hasonlóan – a protestantizmus és a katolicizmus viszonyát is gyakran a nemzeti és az idegen, illetve a haladó és a reakciós érdekek ellenpárjaként szemlélte, ezzel az elavult nézettel érdemes leszámolni. Ez még akkor is indokolt, ha a 19. századi nemzeti romantika korától szinte napjainkig – helytelenül – a magyar nemzeti függetlenség zálogának tartott, valójában saját érdekpolitikát folytató Erdélyi Fejedelemség vezetői és rendjei általában a protestantizmus, a Magyar Királyság trónján ülő, de birodalmi érdeket érvényesítő Habsburg uralkodók, valamint a velük épp emiatt komoly küzdelmet folytató magyar politikai elit is többnyire a katolicizmus követője és támogatója volt. Így kapcsolatuk akkor érthető meg, ha egyenrangúan kezeljük őket, elismerjük egymás mellett haladó szerepüket és megvizsgáljuk, hogy konkurenciájuk miként vezetett a század folyamán többször elmérgesedő vallásháborúhoz.