Az Nftv. a korábbiaknál sokkal részletesebben határozza meg a felsőoktatási intézmények fenntartói irányításának kereteit. Ez magyarázható azzal, hogy az Alaptörvény a felsőoktatási autonómia szervezeti és gazdasági oldalát erőteljesen korlátozta. Az Nftv. szektorsemlegesen szabályoz, a fenntartói irányítás jogosítványai függetlenek attól, hogy ki gyakorolja azokat. A felsőoktatási intézmény fenntartója lehet állami, egyházi vagy a magánszférába tartozó szervezet. A fenntartó a szervi irányítás körében kiadja, illetve módosítja a felsőoktatási intézmény alapító okiratát; meghatározza a felsőoktatási intézmény költségvetésének kereteit és elfogadja az éves beszámolóját. Megvizsgálja a felsőoktatási intézmény szervezeti és működési szabályzatát, a felsőoktatási intézmény intézményfejlesztési tervét, a felsőoktatási intézmény költségvetését. A fenntartó a szervezeti és működési szabályzat egységességét, teljességét, törvényességét, hatékonyságnak való megfelelőségét vizsgálja. Ellenőrzi a felsőoktatási intézmény gazdálkodását, működésének törvényességét, hatékonyságát, kezdeményezi a rektor megbízását és felmentését, továbbá gyakorolja felette a munkáltatói jogokat; megbízza a gazdasági vezetőt, illetve visszavonja a megbízását. Állami felsőoktatási intézmény esetén a fenntartó az intézménynél mutatkozó tartós hiány esetén – az államháztartásért felelős miniszter által kijelölt kincstári biztos mellett – miniszteri biztost nevezhet ki. A miniszteri biztos kinevezését követően felsőoktatási intézmény rektora, szenátusa – az elsődlegesen a tanév zavartalan befejezését és a hallgatók tanulmányainak az adott tanéven túli folytatását szolgáló – intézkedéseit a miniszteri biztos egyetértésével hozhatja meg.