Ez a több évre tervezett folyamat hamarosan megbicsaklott. 1948-ban mégis választottak tiszteleti tagokat, köztük a marxista filozófus Lukács Györgyöt és Fogarasi Bélát, valamint a marxista történész Molnár Eriket, és még az üres levelező tagsági helyek számánál is több, harminc új levelező tagot választottak, amivel a rendes és levelező tagok számát 236-ra növelték. A csökkentés 1949 őszén következett be, de nem az eredeti elképzelések szerint, hanem drasztikus külső beavatkozás hatására.

Az alapszabályt és a 128 rendes és levelező, valamint három hazai tiszteleti tag nevét tartalmazó névsort a főtitkár úgy terjesztette az összes ülés elé, mintha azt az alapszabály-módosítás esetére előírt, az Akadémia által kiküldött húsztagú bizottság, illetve az Akadémia szeptemberben tartott értekezletén választott tizenöt tagú bizottság készítette volna elő. Valójában azonban ezeket az a hattagú bizottság állította össze, amelyet az MDP Központi Vezetőség Titkársága bízott meg ezzel a feladattal 1949. szeptember 14-ei ülésén. A bizottságnak négy kommunista akadémikus, Alexits György, Fogarasi Béla, Lukács György és Rusznyák István mellett Gerő Ernő és Révai József volt a tagja. Az utóbbiak, mint majd látjuk, tiszteleti tagságot kaptak az átalakított Akadémián.

A bizottság munkájának alapját az Akadémia tagjairól a Magyar Tudományos Tanács titkárságán gyűjtött jellemzések, valamint az MTT főtitkára, Alexits György vezetése alatt kidolgozott, a Titkársághoz szeptemberben benyújtott előzetes javaslat képezte. A jövőbeli elképzelésekről árulkodik, hogy az Akadémia szerkezeti vázlata címet viselő ábrán a szervezet csúcsán, az Elnökség, Titkárság nevet viselő skatulya fölött helyezkedett el a Pártkollégium. A javaslat szerint akkor lehet elérni a „népi demokrácia minimális követelményeinek” megfelelő összetételt, ha az Akadémia tagjainak száma 120-ra csökken. Ez az előzetes javaslat már neveket is tartalmazott, a 120 főből 52 lett volna az MDP tagja. A szellemtudományi, az orvostudományi és a műszaki tudományok osztályán a tagoknak mintegy fele lett volna párttag, a matematikai és természettudományi, valamint a biológiai és agrártudományi osztályokon viszont csak negyede-ötöde. „Tulajdonképpen csak egy határozottan ellenséges magatartású akadémikust tartanánk meg az újjászervezett Akadémiában: Kodály Zoltánt.”

A bizottság 1949. október 18-án terjesztette be javaslatát a Titkársághoz. Három személy esetén volt bizonytalanság. Az egyik Szent-Györgyi Albert volt, aki „világhírű tudós, […] levelező tagja a Sz.U. Tudományos Akadémiájának is”, viszont „a Magyar Népköztársaság nyílt ellenségei közé szegődött”. Úgy ítélték meg, hogy „esetleges kizárása azonban nem váltana ki feltétlenül megdöbbenést, hanem ebben a haladó értelmiség a Párt erejét is látná”. A másik Laki Kálmán biokémikus, Szent-Györgyi közeli munkatársa, aki 1948-ban elhagyta az országot, de az volt a hír, hogy esetleg vissza kíván térni. A harmadik Révész Imre református püspök, egyháztörténész, aki az iskolák államosításáról folyt tárgyalások idején „nagy szolgálatokat tett nekünk”.

Kisebb finomítások után Voinovich Géza főtitkárra hárult a feladat, hogy az Akadémia Igazgatótanácsának október 28-i ülésén ismertesse az új Akadémia tagjainak végleges névsorát és a választás rendjét. Elmondása szerint az október 31-i „összes ülés az alapszabályok elfogadásával és a választással annak a kívánságának ad kifejezést, hogy ezen alapszabályok alapján s ezen választás szerint kívánja folytatni működését az Akadémia s ehhez kéri a Népköztársaság Elnöki Tanácsának jóváhagyását”.

Az Akadémia sorsáról döntő október 31-i összes ülésen a szavazásra jogosult 105 hazai tiszteleti és rendes tagból 39-en voltak jelen. Bár a Kodály távollétében az ülést levezető Szladits Károly azt mondta, hogy „szerencsénkre az irányadó tényezők megértő jóindulata elkerülni óhajtja a reformok oktrojálását”, a főtitkári előterjesztésben burkoltan ugyan, de volt utalás arra, hogy az átalakítás külső kényszer alatt történik. Mint Voinovich Géza mondta, „ma nem egyedül a tudományos érték szempontja érvényesül. Az Akadémia jövendő zavartalan munkássága és testületi egysége kénytelen-kelletlen számításba jön egyes esetekben kiváló tudósokkal szemben is. […] az Akadémia régi tagjai közül többeken bizonyára sebet ejt, ha most tanácskozó tagokká válnak, de gondolják meg, hogy az Akadémia fennmaradásáról van szó.” Ilyen felvezetés után öt ellenszavazattal elfogadták az új alapszabályt, majd annak alapján egyszeri listás szavazással megválasztották az átalakított Akadémia tagjait.

Az 1948-as tagválasztás után az Akadémiának összesen 265 hazai, köztük 29 tiszteleti, 80 rendes és 156 levelező tagja volt. Az 1948. évi Akadémiai Értesítő már csak 155 levelező tagot sorolt fel, mivel Náray-Szabó István fizikokémikust, akit a Népbíróságok Országos Tanácsa politikai okokból, „szervezkedésben való tevékeny részvétel” miatt négyévi fegyházra ítélt, az év őszén törölték a tagok névsorából. A következő évben a statisztikus Dolányi Alajost és a fizikus Császár Elemért is törölték a tagok sorából, mivel a népbíróság őket népellenes bűntettért elítélte. Az 1949-es közgyűlésig öt tag (két tiszteleti, két rendes és egy levelező tag) hunyt el. Az így 257 tagot számláló testületből 103-at választottak újra. A régi tagok közül 58-an rendes, 44-en levelező tagok lettek. A 103. a Nobel-díjas Hevesy György volt, aki ‒ bár külföldön élt ‒ belső tagnak számított. A régi tiszteleti tagok közül egyedül ő maradt tiszteleti tag. Az Akadémia két másik Nobel-díjas belső tagja, a pozsonyi születésű fizikus Lénárd Fülöp és Szent-Györgyi Albert nem került be az új Akadémiába. Lénárd Fülöpről már 1945-ben úgy határoztak, hogy a nácizmus ideológiája melletti kiállása miatt az Almanachból kihagyni kívánják, Szent-Györgyi pedig addigra már elhagyta az országot.

Az újra nem választott 154 tagból Szent-Györgyi Alberttel együtt tizenheten korábban Nyugatra távoztak, ezért szóba se jöhettek. Egy évvel később, 1950. október 3-án az MTA Pártkollégiuma azt javasolta az Elnökségnek, hogy „tegyen olyan egyértelmű nyilatkozatot, hogy nem tekinti többé az akadémia tagjának azokat, akik a felszabadulás után külföldre mentek s a kormány felhívására 1950. október 4-ig nem tértek vissza”. Noha a következő közgyűlés jegyzőkönyvében nincs nyoma ilyen nyilatkozatnak, gyakorlatilag így jártak el, tagságukat megszűntnek tekintették, anélkül hogy az új alapszabálynak megfelelően „az Elnökség a velük való érintkezés felvétele után, az összes körülmények gondos mérlegelése alapján” döntött volna. Mivel megszüntették a Széptudományi alosztályt, csak az irodalomtörténészeknek és zenetudósoknak volt esélyük bent maradni. Tizenhárom író, például Áprily Lajos, Herczeg Ferenc, Illyés Gyula és Tamási Áron, illetve művész, például Pátzay Pál akadémiai tagsága viszont megszűnt. A geológus Papp Simon a MAORT- (Magyar-Amerikai Olajipari Részvénytársaság) perben letartóztatva az ítéletre várt. Az ítéletet megelőlegezve őt kizártnak tekintették.

Az új alapszabály úgy rendelkezett, hogy a többiek tanácskozó taggá válnak. Alexits György főtitkári iratai között fennmaradt egy 1949-es taglista, amely tanácskozó tagként 119 személy nevét tartalmazza. Nem szerepel rajta Fettich Nándor régész, Jánossy Dénes levéltáros, Laky Dezső statisztikus és Moór Gyula jogtudós, noha nem tartoztak a tagságukat elvesztettek kategóriáiba. Az ő átminősítésük akkor nem történt meg. Nem egyértelmű, hogy tévedésből vagy szándékosan. Ugyanis Alexits 1949. szeptemberi listáján ők a politikai okokból kizárandók között szerepeltek, viszont az 1950. januári ülésén az Elnökség az első hármat besorolta a tanácskozó tagok közé. Moór Gyula, aki néhány héttel később hunyt el, ebből kimaradt. A tanácskozó tagok közül néhányat később rendes választással levelező taggá választottak. Az Elnökség akkori álláspontja szerint ez nem visszavételt jelent, hanem új választást. A tanácskozó tagok akadémiai tagságának folyamatosságát az 1989. májusi közgyűlés állította helyre. Különleges volt annak a három orvosprofesszornak (Haranghy László, Krompecher István és Miskolczy Dezső) az esete, akiket 1940-ben a kolozsvári egyetemre neveztek ki egyetemi tanárnak, és 1945 után néhány évig még Erdélyben maradtak. Az ő akadémiai tagságukat az 1949-es alapszabály átmeneti rendelkezéseire hivatkozva az ötvenes vagy hatvanas években, külön-külön hozott elnökségi határozattal megállapították, de annak folyamatosságát expliciten csak 1989-ben mondták ki.

Az 1949. októberi összes ülésen ugyanakkor két új tiszteleti tagot (Gerő Ernő és Révai József), egy új rendes tagot (Rudas László, aki úgy lett rendes tag, hogy előtte nem volt levelező tag) és huszonöt új levelező tagot választottak, a legtöbbet az akkor létesített műszaki tudományok osztályába. Így jött létre az ötvenkilenc rendes és hatvankilenc levelező tagból álló új Akadémia három tiszteleti taggal. A rendes és levelező tagok közül negyvenkilencen voltak az MDP tagjai, ketten pedig tagjelöltek. A korábban külső taggá választott külföldiekről mintha elfeledkeztek volna. Az Akadémia tagjainak évente megjelenő névsorában 1953-tól már nem csak a belső tagok szerepeltek, a tiszteleti és külső tagok között azonban csak azokat sorolták fel, akiket az új Akadémia választott meg. 1960-ban került csak elő a régi külső tagok ügye. Hét személy, köztük a Nobel-díjas Niels Bohr és Peter Debye külső tagságát az Elnökség megerősítette, hat személyét viszont indoklás nélkül nem.

Érdekes kordokumentum az az irat, amelyben Alexits György főtitkárként néhány szóval jellemzi az átalakított Akadémia tagjait. A nem párttagokat polgárként minősíti, de a párttagok között is megkülönbözteti az egyszerű párttagokat és a közismert vagy jó kommunistákat. A szakterület és a polgár vagy párttag minősítés mellett ilyen kifejezéseket találunk: elaggott, működésképtelen, jelentéktelen, klerikális, nehezen kezelhető, nem szimpatizáns, apolitikus, passzív, politikailag gyenge, langyos, szimpatizáns, jóindulatú, használható, opportunista szolga-természet, teljesen kiszolgál minket, feltétlenül együttműködő, fejlődőképes vagy igen haladó. A legrosszabb jellemzést Kodály Zoltán és Haynal Imre orvosprofesszor kapta. Alexits Kodályt „rosszindulatú reakciós”-nak tartotta, Haynal pedig „rosszindulatú klerikális, orvosi körök előtti tekintélye miatt maradt meg”.

A tisztségviselők megválasztására az új alapszabály elfogadása után egy hónappal, november 29-én került sor, miután az új akadémiai törvénynek megfelelően az Elnöki Tanács jóváhagyta az alapszabályt. Itt is egy furcsa színjátékot játszottak el. Az ülés kezdetén megválasztották az öttagú jelölőbizottságot, amely rögtön benyújtotta javaslatát. Az éppen a Titkárság által már októberben elfogadott neveket tartalmazta. A közgyűlés pedig nagy többséggel ‒ minden tisztségnél egyetlen ellenszavazattal ‒ megválasztotta őket.

Az alapszabály szerint az Elnökség és az illetékes osztály javasolhatott külső és belső tagokat, de az osztályoknak társadalmi szervek is tehettek javaslatot tagjelölésre. Az elnök és a főtitkár 1950. augusztus 23-án levélben kérte az osztályelnököket és osztálytitkárokat „az osztályon esetleg megválasztásra szóbajövő tudósok neveit összegyűjteni és azt, mint a választás előkészítésének kiinduló pontját alkotó bizalmas névsort legkésőbb szeptember 1-ig hozzánk eljuttatni”. Októberben az elnökség felkérte a főtitkárt, hogy körlevélben ismertesse az osztályokkal az új tagok jelölésére vonatkozó szabályokat. A jegyzőkönyv melléklete már tartalmazta az új rendes és levelező tagokra vonatkozó elképzeléseket. Bár ezt a levelet nem sikerült fellelni, fennmaradt például a III. osztály 1950. november 6-i zárt ülésének jegyzőkönyve, mely szerint „az új akadémikusok választásával kapcsolatban felmerült javaslatokat az osztály megtárgyalta”, és szavazott a nevekről. Ezért a következő, novemberi elnökségi ülésen a főtitkár joggal terjeszthette elő az októberi listával azonos, négy új levelező tagra, köztük Nagy Imrére, és hat új rendes tagra, köztük a Dublinból akkor hazatért, rögtön rendes tagnak ajánlott Jánossy Lajosra vonatkozó javaslatot mint az osztályok javaslatát. Ezen az elnökségi ülésen, majd a közgyűlésen Szalai Sándor szociológus kizárását is úgy jelentették be, hogy a II. osztály vezetősége tett javaslatot arra, mivel „méltatlanná vált erre a magas funkcióra, a magyar tudomány legfőbb intézményének tagságára”, „valamint vétett a népi demokrácia ellen”. (A Szakasits-perben kirótt életfogytiglani fegyházbüntetésből 1956 nyarán szabadult, miután a Legfelsőbb Bíróság rehabilitálta, mivel a június 15-én hozott ítélet szerint „semmiféle bűncselekményt nem követett el”. Az Akadémia elnöksége ezután „visszaiktatta” a levelező tagok sorába.)

Ha csak a tudományos osztályok és az Elnökség üléseinek jegyzőkönyveit tekintjük át, akkor az a benyomásunk támadhat, mintha 1950-től kezdve a tagválasztásokkal kapcsolatban ‒ néhány ritka kivételtől eltekintve ‒ már minden az akadémikusok javaslatai alapján, az Akadémián belül dőlt volna el. Az akadémiai Pártkollégium és az akadémikus pártcsoport, illetve az MDP, majd az MSZMP Titkárságának és Politikai Bizottságának az irataiból azonban egészen más kép alakul ki.

1950-ben Alexits főtitkár egy, még jóval a közgyűlés előtt, május 19-én írt feljegyzésében jelezte az MDP Agit. Prop. Kollégiumának, hogy az Akadémia két üres helyére az akkor még külföldön tartózkodó, de hazakészülő Jánossy Lajost és a Szovjetunióból hazahívott Szörényi Imre biokémikust javasolják, az utóbbit akkor, „ha a Szovjetunió beleegyezik”. Az sem lehetett véletlen, hogy az október végi elnökségi ülés jegyzőkönyvében éppen azok szerepeltek lehetséges jelöltként, novemberben az osztályok azokat szavazták meg, és decemberben a közgyűlés azokat választotta meg, akiket az Akadémia Rusznyák István vezetése alatt működő Pártkollégiuma már az október 3-i ülésén új tagoknak javasolt.

A következő évek tagválasztásairól bővebben, de messze nem teljesen megmaradt anyagokból még jobban látszik, hogyan szólt bele döntő módon a párt a közgyűlés elé került jelöltlisták előkészítésébe. Bár az MDP Politikai Bizottsága és a Titkárság hatásköri listáján csak az Akadémia vezető tisztségviselői szerepeltek, tagjai nem, az Akadémián belül szabályozták a pártnak a tagválasztással kapcsolatos beleszólási jogát. Az Elnökség nevében 1952 elején megfogalmazottak szerint az Akadémia Pártkollégiuma hatáskörébe tartozott javaslat tétele „az Agitációs és Propaganda Bizottságon keresztül a Központi Vezetőség Titkárságának új akadémikusokra és levelező tagokra”.

Az 1951-es tagválasztásra készülve az Akadémia Pártkollégiuma már 1951 elején napirendre vette az új tagok választását. A februári ülés előkészítő anyagában tizenhárom nevet soroltak fel azzal a megjegyzéssel, hogy „a következő tudósok megválasztását vettük tervbe”. Ennek tárgyalását azzal halasztották el, hogy a neveken túl „szakmai és politikai jellemzést is kell hozni”. „Az osztályok aktíváival való megbeszélés után” március folyamán a tizenhárom közül tizenkét személyre, hat párttagra és hat pártonkívülire el is készültek a jellemzések. A többnyire, de nem kizárólagosan akadémikusoktól származó, a szakmai érdemeket felsoroló ajánlás mellett mindenkiről készült egy kádervélemény is az Akadémia Személyzeti Osztálya vezetőjétől. A Pártkollégium áprilisi ülése előtti napokban pótlólagosan még további hat személyre (öt párttagra és egy pártonkívülire) vonatkozóan is születtek ilyen anyagok. Az ülés jegyzőkönyve szerint a Pártkollégium arról döntött, hogy az osztályok bevonásával kell előkészíteni a további lépéseket.

Iratok hiányában nem követhető, hogy mi történt a következő fél évben, milyen mértékben vonták be az osztályokat. Valószínűleg intenzív egyeztetés folyt az Akadémia vezetése, Pártkollégiuma és a Központi Vezetőség Agitációs és Propaganda Osztálya között. Erre utal, hogy a Pártkollégium júniusban újra napirendre tűzte az új tagok választását, de írásos anyag nem maradt fenn. Fennmaradt viszont 1951 októberéből egy, az Agitációs és Propaganda Osztály által jegyzett, huszonkét nevet tartalmazó felterjesztés, amelyben 148-ra javasolták felemelni az Akadémia taglétszámát. Indoklásként a következőt írták: „A javasolt kibővítés az Akadémia újjászervezése befejezésének tekinthető, ami nélkül az érdekelt osztályok nem tudnak kielégítő munkát végezni.” A néhány héttel később született, Erdey-Grúz Tibor főtitkár javaslataként szereplő, a pártközpontba jóváhagyásra felterjesztett lista viszont már csak tizenöt nevet tartalmazott. Ebben a szakmai érdemek felsorolása mellett az illető politikai nézeteit is taglalták. A tavasszal az akadémiai Pártkollégium elé kerültek közül kilencen szerepeltek ezen a listán, és hat új név is felkerült rá.

Az MDP Központi Vezetőség Agit. Prop. Osztályával történt egyeztetés után a Titkárság 1951. november 20-i ülésének napirendjén szerepelt a tagválasztás ügye. A Titkárságnak a tizenötből egy személlyel kapcsolatban volt kifogása. Pattantyús-Ábrahám Géza műegyetemi tanár levelező taggá választását ‒ aki korábban már volt levelező tag, de 1949-ben tanácskozó taggá minősítették vissza ‒ nem támogatták. A jellemzés szerint politikailag képzetlen, vallásos, de talán a legsúlyosabb pont az volt, hogy „baráti köre régi reakciósokból tevődik össze”.

A Titkárság döntése után, 1951. december 1-jén került az Elnökség elé a december 15-ére összehívott közgyűlésre beterjesztendő javaslat. Ezután üléseztek az osztályvezetőségek, majd egy nappal a közgyűlési választás előtt az osztályok, ahol formálisan is megtörtént az osztályok szavazása a hozzájuk tartozó jelöltekről. Nem meglepő módon Pattantyús-Ábrahám Géza megválasztása az Elnökség, az osztályvezetőségek, majd az osztályok ülésén sem került elő, pontosan a Titkárság által elfogadott tizennégy személyt támogatták, és a közgyűlés is őket választotta meg új levelező tagnak.

Rövid kitérőként meg kell említeni, hogy ugyanakkor bejelentették: az Elnökség kizárta Sántha Kálmán orvost, mivel „hűtlen lett az igazi tudomány zászlajához, a haladás helyett a reakció szolgálatába állott”, amikor egyetemi előadásaiban azt állította, hogy „szocialista építésünk egyik legjelentősebb tényezője, a sztahanov-mozgalom, káros a munkások egészségére”. A kizárást utólag azzal indokolták, hogy „akkori magatartása úgy politikailag, de a tudományos munka szempontjából sem felelt meg azoknak a követelményeknek, amelyeket az Akadémia tőle mint akadémikustól elvárhatott”. 1956 májusában az Akadémia pártcsoportja az MDP Központi Vezetősége Tudományos és Kulturális Osztályánál kezdeményezte Sántha Kálmán visszavételét. A Rusznyák István által aláírt levélben hangsúlyosan szerepelt az, hogy a visszavételt nem azért javasolják, mintha „annak idején téves adatok alapján, helytelenül” döntött volna az Elnökség, hanem „méltányosságból és az eltelt idő óta végzett jó munkája eredményeként” tekintenének el „a kizáró határozat további hatályától”. Arra kértek engedélyt a pártközponttól, hogy ilyen értelmű bejelentést tehessenek a májusi közgyűlésen. Az engedélyt megkaphatták, így az Elnökség a májusi ülésén annak hangsúlyozásával nyilvánította 1956. június 1-jei hatállyal Sánthát az Akadémia rendes tagjává, hogy „visszavétele nem rehabilitálás”. Mivel ő ezt sérelmezte, és a visszavételt ebben a formában nem fogadta el, hosszabb tárgyalások után, augusztus 1-jén az Elnökség új határozatot hozott, amelyben már elismerték, hogy a kizárás tárgyalásakor tévesen hozták meg a döntést. „Minthogy [az Elnökség] arra a megállapításra jutott, hogy a kizárás kellő alap nélkül történt, akkori határozatát hatálytalanítja.” Egyetemi tanári állását és tanszékét is visszakapta, de súlyos betegsége miatt azt már nem tudta elfoglalni. 1956 decemberében meghalt.

Visszatérve az ötvenes évek elejére, jellemző az akkori idők tervgyártására, hogy közvetlenül az 1951. végi közgyűlés után, 1952 elején minden tudományos osztálynak káderfejlesztési tervet kellett készítenie, amelyben azt is felsorolták név szerint, hogy a következő három évben kiket javasolnak levelező tagnak, illetve rendes tagnak. Ezek alapján készült el az Elnökség által 1952 márciusában elfogadott hároméves káderfejlesztési terv. Azok közül, akiknek a neve a következőkben majd előkerül, többen is szerepeltek benne. Úgy tervezték, hogy Porpáczy Aladárt 1952-ben, Léderer Emmát 1953-ban, Györffy Barnát és Romhányi Györgyöt 1954-ben választják levelező taggá. Ezekből a tervekből szinte semmi sem valósult meg. 1952-ben végül nem is volt tagválasztás.

Az 1953. évi tagválasztási folyamat már 1952 végén elindult. Az osztályok zárt ülésen tájékoztató megbeszélést tartottak, amelyen akár több név is elhangozhatott. A III. osztályon például 1952 decemberében hat személy is szóba került, 1953 tavasza folyamán pedig többükről, köztük Szele Tibor matematikusról az írásos ajánlás is elkészült. Az ezt követő lépéseknek most is kevés nyomuk maradt. 1953 márciusában Osztrovszki György főtitkár egy feljegyzésben azt jelezte a pártközpontba, hogy készítik a javaslat végleges szövegét, de több személy, Esztó Péter bányamérnök, Bárány Nándor gépészmérnök, Heller László gépészmérnök és Porpáczy Aladár kertészmérnök, növénynemesítő jelölése vitássá vált. Az MDP Központi Vezetősége Agitációs és Propaganda Osztálya és a Magyar Tudományos Akadémia által közösen jegyzett, május elején készült előterjesztés kilenc személyt sorolt fel mint akiket új levelező tagnak javasolnak. Ez nemcsak egy megszűrt lista volt a jelöltekről, hanem mindenkiről tartalmazott egy rövid életrajzot, amelyben a tudományos érdemek mellett politikai nézeteikre is kitértek. Ezen a listán Esztó Péter és Heller László már nem szerepelt, de Szele Tibor sem volt rajta. Szele Tibor egyébként Fejes Tóth Lászlóval és Péter Rózsával együtt 1954-ben és 1955-ben is a levelező tagságra ajánlottak között volt, de egyikük sem került fel egyik alkalommal sem a Titkársághoz felterjesztettek közé. Fejes Tóth László és Péter Rózsa később az Akadémia tagja lett, Szele Tibor viszont 1955 tavaszán meghalt, így véglegesen kimaradt.

Az 1952-ben Kossuth-díjjal kitüntetett Porpáczy Aladár 1953-ban rajta volt ugyan a Titkárság elé terjesztett listán, de életrajza alá a következő megjegyzést fűzték: „a KV. Mezőgazdasági Osztálya nem javasolja, mert kiderült róla, hogy nyilas párttag volt és erről eddig nem beszélt”. Ezek után természetesen az osztályoknak a közgyűlés előtti napokban tartott zárt ülésén éppen azok nyerték el a jelöltséget, akiknek az ajánlásával a Titkárság egyetértett. Őket választotta meg a közgyűlés új levelező tagnak.

1953-ban már a Titkárság által elfogadottak és megválasztottak között volt Pattantyús-Ábrahám Géza. Szakmai kiválósága mellett ugyan most is hibájául rótták fel, hogy „politikai előrehaladását erős vallásossága és ismeretségi köre gátolja”, de hozzátették: „hosszú ideig a Gépészkar békebizottságának elnöke volt. Előadásában többször elítélően nyilatkozott az imperializmusról”. Ez elég volt ahhoz, hogy a párt ekkor már ne gördítsen akadályt megválasztása elé. Hasonló történt Porpáczy Aladárral is egy év múlva. 1954-ben egy új előterjesztés alapján, amelyben szó sem volt nyilas múltról, a Titkárság már nem akadályozta meg a megválasztását.

A fennmaradt dokumentumokból nem derül ki, hogyan érték el, hogy bár a PB-ülés után tartott zárt osztályüléseken nemcsak a PB által támogatottakra lehetett szavazni, hanem minden korábban ajánlottra, mégis, ritka kivételektől eltekintve, a PB listáján szereplők lettek a nyertesek. Csak sejthetjük, hogy hasonló történt, mint a III. osztály ülésén, ahol bár öt levelező tagságra ajánlott személy is volt, végül még szavazásra sem került sor, mert indoklás nélkül az hangzott el, hogy az osztály egyetlen levelező tagi helyet sem kap.

Érdekesen alakult a rendes tagok választása is 1954-ben. A III. osztálynak három javaslata is volt, Gyulai Zoltán fizikus, és két matematikus: Rédei László és Szőkefalvi-Nagy Béla. Egyikük neve sem szerepelt a PB június 3-i ülésére beterjesztett listán. Az osztály július 11-i ülésén mégis az hangzott el, hogy az osztály egy rendes tagi helyet kap. Ezután szavazás nélkül, egyhangúlag Gyulai Zoltánt javasolták rendes tagságra. Ugyanazon a napon, amikor ez a döntés született, az MDP Központi Vezetőség Agitációs és Propaganda Osztálya olyan levelet küldött Osztrovszki főtitkárhoz, amely szerint „a Politikai Bizottság hozzájárult Gyulai Zoltán fizikus akadémiai levelező tag rendes taggá való megválasztásához”. A levélen kézzel írva a következő megjegyzés olvasható: „Az O.V.-n keresztül ment közmegelégedésre.” Az már kideríthetetlen, hogy a két esemény időben hogyan követte egymást. Természetesen a közgyűlés Gyulai Zoltánt rendes taggá választotta.

Még különösebb volt Ratkovszky Ferenc rendes taggá választása, aki régi szakember volt, és a fővárosi Elektromos Művek vezérigazgatójaként jelentős szerepet játszott az ország villamosítási tervének kidolgozásában. Egy évvel korábban a Műszaki Tudományok Osztálya javasolta rendes tagságra, de akkor nem került fel a Titkársághoz felterjesztett listára. Talán ezért, az osztály 1954-ben nem javasolta újra. Ennek ellenére most felkerült a felterjesztettek közé, mint aki „szakmájában európai tekintély”, és megkapta a jóváhagyást. Ezután, „tekintettel arra, hogy Ratkovszky Ferenc tudományos munkája népgazdasági szempontból rendkívül jelentős és fontos”, osztály-előterjesztés híján is az Elnökség őt a közgyűlés elé terjesztette, és meg is választották rendes tagnak.

Az enyhülő politikai légkör azonban nem jelentette azt, hogy háttérbe engedték volna szorulni az ideológiai szempontokat, csupán azt, hogy a decentralizáció jegyében az Akadémián belülre helyezték át a politikai kontrollt. A Politikai Bizottság 1954. június elején, amikor a június közepén tartandó közgyűlés előkészületeiről tárgyalt, úgy határozott, hogy „a jövőben az új akadémiai tagok jelölésénél ‒ figyelembevéve a párt befolyásának növelését ‒ csak a jelölés elveit és a politikai jellegű személyi javaslatokat terjesszék a P.B. elé. Javaslatot kell kidolgozni és a P.B. elé terjeszteni az akadémia irányításának és vezetésének elvi kérdéseiről.”

Az Andics Erzsébet által a Központi Vezetőség Tudományos és Kulturális Osztálya nevében beterjesztett javaslat egy év múlva, 1955 májusában került a Politikai Bizottság elé. Az elfogadott határozat szerint: „a Magyar Tudományos Akadémia irányítása társadalmi-politikai kérdésekben a pártból, gazdasági-műszaki kérdésekben a Minisztertanácsból történjék”. Egyúttal az MTA Elnöksége MDP csoportjának a megalakítását javasolták, amely az Elnökség kommunista tagjaiból és az akadémiai osztályok kommunista elnökeiből és titkáraiból állna. Ez hívná össze az osztályok kommunista akadémikusaiból álló aktívát. Ezeknek az aktíváknak lenne a továbbiakban döntő szerepük az új tagok kiválasztásában, hiszen a határozat szerint „szemmel kívánjuk tartani, hogy az új tagok az Akadémia osztályait ne csak szakmai tudásukkal, hanem politikailag is erősítsék”.

Az egy évvel korábban hozott határozat ellenére a Politikai Bizottság 1955 májusában mégis név szerint tárgyalt a jelöltek személyéről is. A május 12-i ülésén a PB nem emelt kifogást a levelező tagnak javasolt két személlyel szemben. A PB ülését követő akadémiai elnökségi ülés is elfogadta a közgyűlés elé terjesztendő két jelölt nevét. Ezután derült ki, hogy egyikük, Gyulay Zoltán bányamérnök, soproni egyetemi tanár, még nem szerezte meg a tudomány doktora fokozatot. Ezért az ügy újra a Politikai Bizottság elé került. Május 19-ei ülésén a Központi Bizottság Tudományos és Kulturális Osztályának előterjesztése alapján a PB úgy határozott, hogy a korábban már jóváhagyott Gyulay Zoltán helyett Sőtér István irodalomtörténészt javasolják levelező tagnak. Ezután az Akadémia Elnöksége is megváltoztatta korábbi döntését, sőt a jegyzőkönyvet is átírták, mintha már május 14-én Sőtér István levelező taggá választását ajánlották volna a közgyűlésnek.

A rendes tagnak jelölteknél is közbeléptek. Három személlyel kapcsolatban úgy határoztak, hogy maradjanak ki az újonnan megválasztandó rendes akadémiai tagok közül. Mindhárman, Erdei Ferenc, Marót Károly és Szabó Imre a következő választáson, 1956-ban lettek rendes tagok.

A forradalom előtti utolsó, 1956 májusában tartott tagválasztás során a Politikai Bizottság szintjén az MDP már valóban nem szólt bele a tagválasztásba, de ez nem jelentette azt, hogy az Akadémián belül a pártnak ne lett volna döntő befolyása, bár a fennmaradt dokumentumokból ma már nem deríthető ki, hogy mi volt a megválasztásra javasoltak listája többszöri változtatásának az oka. Itt is a III. osztály jelöltjeinek a sorsát használom annak illusztrálására, hogy hogyan változott a javasoltak listája.

Az osztálytitkárok által az év elején felterjesztett javaslatokat első lépésben az Akadémia Elnöksége MDP-csoportjának vezetősége tárgyalta február 11-én. Nyolc személy esetén a jelölés további megvitatását javasolták, tizenegy személy esetén pedig úgy határoztak, hogy megválasztásukat nem javasolják. Az első csoportba tartozott Neugebauer Tibor és Péter Rózsa, a másodikba Fejes Tóth László. A pártcsoport vezetősége arról is határozott, hogy a tagválasztással kapcsolatos véleményüket továbbítani kell a Központi Vezetőség Tudományos és Kulturális Osztályához. A Titkárság februári 13-ai ülésén napirendre került a közgyűlés előkészületeiről szóló jelentés, de abban éppen csak megemlítették, nevek nélkül, hogy lesz új tagok választása.

A tagválasztás szabályait a rendes közgyűlést megelőző, áprilisban tartott rendkívüli közgyűlés pontosította. Előírták, hogy az elnökség csak az osztályok javaslata alapján tehet előterjesztést tagok megválasztására, az osztály pedig legalább két tagjának ajánlása alapján tehet javaslatot. Bognár Rezső főtitkár április 14-én írt levele szerint: „Levelező tag csak a tudományszak legjobb képviselői köréből választható, aki a tudományok doktora címmel rendelkezik, részt vesz a szocializmus építésében és munkájával elő fogja segíteni az Akadémia tudományszervező munkáját.” Tájékoztatásul közölte, hogy körülbelül öt rendes és öt levelező tag megválasztására lesz lehetőség. Ennek ellenére a megadott határidőre az osztályok közel húsz levelező tagi ajánlást tettek, a III. osztály például négy matematikust. Fejes Tóth László és Péter Rózsa mellett Fuchs Lászlót és Erdős Pált is ajánlották, kimaradt viszont a fizikus Neugebauer Tibor, pedig az osztálytitkár januárban az ő jelölését tartotta a legindokoltabbnak. A következő napok eseményeiről ellentmondó információk maradtak fenn. Ekkor tartották az osztályok a tagjelölő zárt üléseiket, a III. osztály május 11-én. Furcsa módon, annak ellenére, hogy a szaktitkár csak néhány nappal később közölte írásban az Elnökséggel, hogy egyedül Erdős Pál kapott többségi támogatást, az Akadémia elnöke, főtitkára és a személyzeti osztály vezetője már május 11-én feljegyzésben jelezte a párt Titkárságának, hogy az osztályok több új levelező tag megválasztását javasolták, de az Akadémia csak hat megválasztását tervezi. Köztük volt Erdős Pál, akivel kapcsolatban a következőt írták: „felvetődött az a kérdés, helyes-e, hogy Erdős Pált megválasszuk, aki 22 év óta csaknem állandóan külföldön tartózkodik, bár ezen idő alatt magyar állampolgárságát megtartotta. Erdős Pál nemzetközileg elismert kiváló matematikai szaktekintély, és ezért nagyjelentőségű volna, ha őt külföldön is mint a Magyar Tudományos Akadémia tagját ismernék.” Ugyanakkor a levélben felsorolták tizenkét további személy nevét, köztük három matematikusét, de azzal a megjegyzéssel, hogy az osztályok javaslata ellenére az Elnökség Pártcsoportja nem javasolja őket. A Titkárságtól választ sem várva, május 24-én az Elnökség a pártcsoport állásfoglalásának megfelelően hat új levelező tag megválasztására tett javaslatot a hónap végére összehívott közgyűlésnek.

Ez a részben visszanyert autonómia azonban nem tartott sokáig. A cikk második részében látni fogjuk, hogy a forradalom elfojtása után a párt újra szoros irányítás alá vonta az Akadémiát, és csak a nyolcvanas évek közepére enyhített azon annyira, hogy a párt központi szervei már nem szóltak bele a tagválasztásokba.