Fénelon egyházi pályája attól kezdve nem ívelt feljebb, hogy Mademe Guyon misztikus körével kapcsolatba kerülvén a tiszta, teljesen érdekmentes szeretetről olyan nézeteket fejtett ki Explication des Maximes des Saints sur la vie intérieure (A szentek maximáinak magyarázata a belső életre vonatkozóan, 1697) című művében, melyeket Bossuet, XIV. Lajos és Róma is elítélt. Filozófiailag közvetlen jelentősége elsősorban a Malebranche elleni polémiájának, valamint az istenbizonyításról szóló gondolatainak van. A Réfutation du système du P. Malebranche sur la nature et la grâce (Malebranche rendszerének cáfolata a természetre és a kegyelemre vonatkozóan) című, 1687–88-ban írt, ám először 1820-ban megjelent mű Malebranche Traité de la nature et de la grâce című írásával foglalkozik. Fénelon helyteleníti a lehetőség malebranche-i fogalmát, amely annyiban függetlenedik Isten saját, akarati döntésétől, hogy a sérthetetlen, örök Rendben nyeri alapzatát. Ezzel Fénelon szerint megszüntetnénk Isten szabadságát, s a világot is szükségszerű, végtelen és örök létezővé tennénk. Fénelon saját elgondolása szerint Isten választási palettája végtelen volt, lehetősége volt olyan világot létrehozni, amely jobb a mostaninál, de olyat is, amelyik rosszabb. Ha nem így gondolkodunk, akkor végső soron a spinozizmusnál lyukadunk ki, a Bibliát pedig csupán retorikai fogásnak tekintjük. A spinozizmust Fénelon még a Traité de l’existence et des attributs de Dieu (Értekezés Isten létezéséről s attribútumairól) című, 1713-ban megjelent írásában is cáfolja, miközben karteziánus módon arra helyezi a hangsúlyt, hogy a kételkedés révén bizonyítást nyer a kételkedőnek a létezése, s egy második lépésben a végtelen hatalmú szellemé is. Descartes és Malebranche mellett Augustinus a fő filozófiai autoritás a számára, Spinoza ellenben az a szerző, aki az „Isten szeretete” kifejezést a filozófiába helyezi át, s ezáltal úgy tünteti fel, mintha lehetséges volna a tisztán természetes istenszeretet. Fénelon szerint nem lehetséges tiszta szeretet, amely nem az imádság révén, a filozófia elől elzáruló tartományban jön létre. Fénelon némely elgondolása Rousseau Emiljének savoyai vikáriusánál tér majd vissza.