Fragmensek szintéziséről nagyon keveset lehet megtudni az irodalomból, mivel mint már említettük, a legtöbb könyvtár elsősorban kereskedelmileg kapható molekulákból áll össze. A finomvegyszerek forgalmazásával foglalkozó cégek leginkább egyéb tevékenységük során intermedierként, vagy esetenként végtermékként előállított molekulákat árulnak fragmensként, tehát azok nem egy megtervezett fragmensszintézis program elemeiként születtek meg. A kereskedelemben kapható, olcsónak számító fragmenseket és ezekhez hasonló molekulákat nem érdemes szintetizálni, mert az egyenkénti szintézisek munkaköltsége nagymértékben meghaladhatja a beszerzés költségeit. A fragmensek párhuzamos szintézise nem könnyű, sőt sokkal nehezebb, mint hasonló megoldással gyógyszerszerű molekulákhoz jutni, különösen akkor, ha tényleges fizikokémiai tulajdonságaik ismeretlenek. A fragmensek kis mérete ugyanis általában nem ad lehetőséget a klasszikus könyvtárszintézisekben megszokott és eredményes „alapváz + reagens” megközelítés alkalmazására. Az alapváz ugyan egyéni szintézist kíván, de utána a megfelelően előkészített funkciós csoportokon keresztül azt gyorsan, akár robotok segítségével is változatos struktúrájú molekulakönyvtárrá lehet alakítani, ami összességében az egy anyagra jutó fajlagos előállítási költség jelentős csökkenéséhez vezet. A megközelítés fragmensszempontból azzal a hátránnyal bír, hogy az alapváz és a közvetlenül kapcsolódó atomok összes tömege a fragmenstartomány felső határa közelébe tolódhat, nem sok helyet hagyva a reagenseknek vagy más néven építőelemeknek a könyvtár diverzitásának biztosításához.