Némiképp ellentmondva az elimináció előbbi, általános meghatározásának, bizonyos hatóanyagok esetében, illetve a molekulák egy része számára, adott hatóanyag esetén, az elimináció a disztribúciónak nem az utolsó, hanem az első szakasza. Az intesztinális first-pass metabolizmusnak nevezett folyamat során az enterocitákba belépő gyógyszermolekulákat a sejtekben levő fázis I és fázis II metabolizáló enzimek (főleg CYP3A4) azonnal metabolizálhatják. Az enterociták enzimszintje viszonylag alacsony, így a lokálisan magas gyógyszerszint könynyen telítheti az enzimeket, azonban az efflux transzporterek és a metabolizáló enzimek összehangolt működése, melynek során a transzporter visszaszállítja a molekulákat a bél lumenébe, csökkentheti az enzim telítettségét és növelheti annak hatékonyságát. Némely gyógyszer (pl. ciklosporin, nifedipin, midazolam, saquinavir és verapamil) jelentős intesztinális first-pass metabolizmust mutat (lásd 4.3.2.2. fejezet). A first-pass elimináció másik két eleme a hepatikus first-pass metabolizmus és a first-pass excréció. Ennek során a máj a felszívódott molekulákat még a szisztémás keringésbe való belépés előtt metabolizálja és/vagy az epébe üríti.