Mint említettük, a molekulák megvalósuló konformációinak ismerete mind a célfehérjével való kölcsönhatás, mind egyéb tulajdonságok (szelektivitás, ADMET) vizsgálatához szükséges. A konformációanalízis célja, hogy előállítsa és energetikailag jellemezze azokat a konformációkat, amelyek oldatban, illetve a fehérjéhez kötve megvalósulhatnak. Tipikusan úgy járunk el, hogy igyekszünk a molekula konformációs viszonyait minél teljesebb módon feltérképezni, és kiválasztani azokat a konformációkat, amelyek energiája a minimális energiájú konformeréhez közeli. Nagyobb molekulák esetén a konformációs tér szisztematikus feltérképezése, vagyis valamennyi szabadon forgó kötés körül adott lépésekkel végrehajtott forgatás, a rendkívüli számítási igény miatt nem lehetséges, és ezért különböző véletlenszerű elemeket is tartalmazó keresési eljárások alkalmazása szükséges. A konformációk előállításának két fő célja, hogy azonosítsuk az oldatban előforduló és a fehérjéhez kötött, ún. bioaktív konformációt. A konformációanalízist célszerű oldószermodellel végezni; az így előállított konformerek és energiájuk alkalmas alapul szolgálnak a fehérjéhez kötött állapot kereséséhez is. A bioaktív konfomáció nem feltétlenül a legalacsonyabb energiájú konformációnak felel meg. A konformációs energia kismértékű növekedését kompenzálhatják a fehérjével való kedvező kölcsönhatások. Ugyanakkor a tapasztalat szerint, a bioaktív konformer energiája az oldatbeli minimum energiájú konformer energiáját nem haladja meg többel, mint 3 kcal/mol (Boström és mtsai 1998). Ezért a konformációanalízis során előállított konformerek közül csak azokat tartjuk meg, amelyek a minimum energiájú konformer energiájától adott értéken belül térnek el. Ez az érték általában meghaladja a 3 kcal/mólt annak érdekében, hogy a számított energiák bizonytalansága mellett is a bioaktív konformer bizonyosan a megtartottak között legyen. Az így kapott konformerek között a bioaktív konformer megtalálása a rendelkezésre álló egyéb információk – szerkezet-hatás összefüggés vagy fehérje szerkezete – lehetséges, amint az később tárgyaljuk. Konformációanalízist több programmal végezhetünk, mint például Macromodel, Omega vagy MOE. Megjegyezzük még, hogy a dokkolást végző programok általában maguk generálják a kötéshez szóba jöhető konformereket.