A sokféle gyógyszerkutatási stratégia egyik alapvető és közös igénye az olyan hatásos molekulák megtalálása, amelyek a gyógyszerré válás egyéb, sokrétű kritériumainak is megfelelnek. A hatásosságra a mechanizmusalapú megközelítés egyfajta előzetes garanciát jelent, hiszen a kiválasztott célpont és az indikáció kapcsolata előzetes – többé-kevésbé megalapozott – ismereteken alapul. Ennek köszönhetően a mechanizmusalapú megközelítés az egyik leghálásabb és legnépszerűbb gyógyszerkutatási stratégia. Egy adott molekuláris célponthoz társítható indikációs kör egészen eltérő méreteket mutathat. Például egy H2 antagonista mechanizmus indikációi szinte kizárólag az ehhez a szignalizációhoz társuló savelválasztás redukciójához köthetők, míg egy nukleáris receptor támadáspontú glükokortikoid mechanizmushoz rendkívül eltérő pathomechanizmusú indikációs körök kapcsolhatók az indikációk sokaságával. Nem szabad azonban figyelmen kívül hagyni, hogy a ma használatos gyógyszerkincsünk kb. egyharmadának a gyakorlatban használatos indikációja nem a kutatási koncepciónak, hanem a klinikai tapasztalatnak megfelelően alakult. Elég utalni a szildenafilra, amely antianginás szernek indult, a lamotriginre, amelyet folsavantagonistának szántak, vagy a talidomidra, amely gyenge altatóként kezdte tragikus pályafutását.