Az innovációs és kutatás-fejlesztési projektekben a kockázatmenedzsment némileg eltérő megközelítést és módszereket igényel, mint a hagyományos projektekben, aminek oka az innovációs projektek újdonságtartalma, magas bizonytalansági foka és a változtatások nagyobb aránya. Gondoljunk csak vissza arra, hogy a K+F+I projektekben mennyire gyakori a projekteredmény terjedelmének változtatása, az ügyfél, illetve a végfelhasználó projektbe történő bevonása, valamint a külső tényezőknek, új információknak történő kitettség. Ezen projektek esetében kevésbé van lehetőség részletes hosszú távú tervek kidolgozására, ezért a rövidebb tervezési ciklusokkal párhuzamosan a kockázatmenedzsment-tevékenység is időről időre újraindul annak érdekében, hogy figyelembe véve az újabb információkat reálisabb elemzés és kockázatkezelés valósulhasson meg. A valós információk megismerése érdekében a formális mellett gyakran informális kockázatfeltárás és értékelés is megvalósulhat, azonban a kockázatokat már rögzített és szabályozott módon kell kezelni. Ugyanakkor a kockázatmenedzsment-tevékenység során mindvégig törekedni kell arra, hogy az innovációt ne hátráltassák túlságosan a kockázatmenedzsment formalizált intézkedései.