A történeti összehasonlító módszer azt vizsgálja, hogy melyek azok az elemek, illetve tulajdonságok két vagy több nyelvben, amelyek egy olyan időszak örökségének tekinthetők, amikor az adott nyelvek előzményei még egy nyelvet alkottak. Ahhoz, hogy ilyen elemeket (szavakat és toldalékokat), illetve szerkezeteket (mondattani jelenségeket) fel lehessen tárni, először szigorúan körül kell határolni, melyek azok a jelenségek, amelyek nem bizonyíthatnak nyelvrokonságot. Az előző pontok alapján pusztán a tipológiai egyezés még nem bizonyítja a nyelvrokonságot, ahogy önmagukban az érintkező területeken beszélt nyelvek közös tulajdonságai sem. Láttuk azt is, hogy a gyermeknyelvi és a hangutánzó szavak mindenféle rokonságtól függetlenül is emlékeztethetnek egymásra, valamint a véletlen egyezésekre is számos példa található. Az összehasonlító vizsgálatra leginkább a szavaknak azon csoportja alkalmas, amelyeknél kevésbé várható, hogy kölcsönzés útján kerülnek be egy nyelv szókészletébe. Ilyenek a testrésznevek, a rokonságnevek, a számnevek, a névmások, a természeti környezetre vonatkozó megnevezések, valamint az elemi cselekvéseket kifejező igék (ezeket részletesebben tárgyalja kötetünk 5. fejezete). Szintén alapvető célpontjai az összehasonlításnak azok az elemek, amelyek valamilyen nyelvtani funkciót töltenek be, mert ezekre ugyancsak kevésbé jellemző, hogy érintkezés során átkerüljenek egyik nyelvből a másikba. A rokonság megállapítása úgy történik, hogy a vizsgálni kívánt nyelvek szókészletét, valamint a nyelvtani elemek készletét összevetik, és megpróbálják kiszűrni, hogy van-e bennük jelentősebb számú olyan elem, amelyek szabályos hangmegfeleléseket mutatnak (részletesebben ezt a jelenséget kötetünk 4. fejezete írja le). Ha erre igen a válasz, akkor a vizsgálat még kiegészülhet azzal is, hogy megpróbálják összevetni a nyelvek mondattani jelenségeit: melyek azok közülük, amelyek szintén a közös örökség részének tekinthetők.

 

 

Arról a kérdésről folytatható és folyik is tudományos eszmecsere, hogy a családfán szereplő nyelvek közül melyek és miért mutatnak több közös vonást, mint mások, de az tudományos szempontból már hosszú ideje nem kétséges, hogy maguk az uráli nyelvek összetartoznak, és azért tartoznak össze, mert valaha közös ősük volt. Mivel a nyelveknek és azok beszélőinek története összefonódik, így az őstörténeti kutatásban számos egyéb tudományterület (pl. régészet, történettudomány, néprajz, genetika) mellett a történeti-összehasonlító nyelvészet eredményeit is figyelembe kell venni. A nyelvrokonság megállapításában azonban a nyelvek beszélőinek története közvetlenül nem játszik szerepet, mivel kizárólag nyelvi adatokat vizsgálunk. Éppen ezért a nyelvrokonságot csakis a történeti-összehasonlító nyelvészet módszertanával lehet igazolni vagy cáfolni.