Nagy Lajos király alapította a pécsi egyetemet (1366) négy karral. Az alapítási szándék azonos volt a három közeli egyetem létesítési gondolatával, bár a közelgő török veszély hamarosan megsemmisítette az egyetemet. Itt a hazai hallgatókon kívül számoltak a balkáni államok fiataljaira, de a pécsi egyetem hamarosan elsorvadt. Az orvosi karról rendelkezett ugyan az alapító oklevél, de a tanárok kinevezésén túl nincs adat annak működéséről, sőt a környező és az itáliai egyetemek orvosi karainak hallgatói között sem szerepelt olyan medikus, aki előtanulmányai között szerepelt volna a pécsi orvosi kar. Az elnéptelenedett egyetemet Zsigmond király végül (1396) Óbudára telepítette, az orvosi kart is újjászervezték. Ez valóban működött, több olyan bécsi, prágai és itáliai egyetemi bejegyzésről tudunk, hogy itt tanult medikusok más egyetemeken folytatták tanulmányaikat. Sajnos a magyar egyetemalapítások nem váltak életképessé. A magyar orvosképzés számára a külföldi egyetemek nyújtottak lehetőségeket, orvosaink külhoni egyetemeken szereztek tudást és oklevelet. A reformáció újabb fordulatot hozott: a magyar protestáns ifjak inkább a német és németalföldi egyetemeken tanultak, a katolikusok Bécset és Itáliát látogatták.