A világháború harci cselekményei súlyos károkat okoztak a magyar orvosi karoknak, a helyreállítás sok évet vett igénybe. 1945 után drasztikus szerkezeti változások történtek a hazai felsőoktatásban, 1951-ben – szakmai indokokra hivatkozva – a budapesti, a debreceni, a szegedi és a pécsi tudományegyetemek orvosi karait önálló egyetemekké szervezték át, amely ugyan megbontotta a hagyományos európai egyetemi formákat, de az új szerkezetnek voltak hagyományai Európában és Amerikában is. A tudományegyetemekről való leválás három évet vett igénybe, így a Budapesti Orvostudományi Egyetem 1955-ben három karral – általános orvosi, fogorvosi és gyógyszerészettudományi – önálló egyetemmé vált. Ez történt a vidéki egyetemeken is, bár Pécsett csak 2000-től van gyógyszerészképzés, míg fogorvosképzés csak Budapesten és Szegeden működik. Ellentmondásosan alakult a szakorvosképzés is, amely igazán csak 1920-as években indult meg, színterei az egyetemi orvosi karok voltak, szervezője az Orvostovábbképző Bizottság, amely ugyan független volt az orvosi karoktól, de az egészségügyi kormányzat képviselői mellett az egyetemek képviselői játszottak meghatározó szerepet. Az 1950-es években a szakorvosképzést úgy oldották meg, hogy az Egészségügyi Minisztérium alárendeltségében felállították az Orvostovábbképző Intézetet Budapesten. Ez jelentős terhet vett le az orvosegyetemek vállairól, hiszen azok nemcsak orvosképzéssel, kutatásokkal, hanem klinikai rendszerükkel intenzíven részt vettek a betegellátásban, sőt közkórházi feladatokat is elláttak. Az Orvostovábbképző Intézetet 1973-ban önálló egyetemmé nyilvánítottak.

Egyetemi szinten új forma lett a fogorvosi kar, bár a fogorvosképzés 1951-ig az orvosi karon történt. A második világháborúig a fogorvosképzés két szinten történt: az általános orvosi oklevéllel rendelkezők az orvosi kar fogászati intézetében speciális továbbképzés után szakorvosokká váltak. A fogászokat, akiknek tevékenysége korlátozott volt (nem lehettek szájsebészek, nem végezhettek foggyökértömést, nem viselhették a doktori címet) négyéves képzés keretében ugyancsak az orvoskari fogászati intézetben képezték. Az 1951. évi átszervezéssel az utóbbi képzési forma megszűnt, az ötéves képzésben a fogorvosok teljes kiképzést kaptak a fog- és szájsebészet területén. A gyógyszerészképzés 1951-ig a tudományegyetem természettudományi karához tartozott, az orvosi karhoz a gyógyszertani intézeten keresztül kapcsolódott. A gyógyszerészképzés több lépcsős volt, a hároméves egyetemi gyógyszerészképzés csak az ilyen irányú tanulmányok legmagasabb szintjét jelentette. Posztgraduális képzésen elnyerhető doktori címűket is a kémiai tudományokra utalt. A reformmal ez a kettősség megszűnt, öt éves képzés során teljes felkészítést kaptak a pályájukra, külön tanulmányokkal elérhették a gyógyszerésztudományok doktora címet, ami e szakterület teljes elismerését jelentette. Az egyetemi végzettségű gyógyszerészek mellett működő asszisztenseket középszintű szakmai iskolákban végezték. A budapesti, a debreceni és a szegedi gyógyszerészeti karok megszervezése után is bizonyos tárgyak oktatása – például a botanika, az ásványtan, az általános biológia – továbbra is a tudományegyetem természettudományi karán történt, de a kar intézeti és tanszéki rendszere az orvosegyetemen belül épült ki.

Az önálló egyetemi statusok megteremtése után bővítették a klinikák számát, Budapesten párhuzamos elméleti intézetek működtek, a hallgatói létszámot megkétszerezték. Általában – országosan – 6–700 orvostanhallgatót, 150 fogorvos- és 300 gyógyszerészjelöltet vettek fel, s ehhez valóban szűkös volt a régi keretek. Az 1950-es években pártpolitikai elveket alkalmaztak a hallgatók kiválasztásánál, ami valóban hátrányos helyzetbe hozták több „származási kategóriát”, de ettől függetlenül sok tehetséges ifjú kapott tanulási lehetőséget. A tantervek kialakítása valóban párhuzamban állt az orvostudomány fejlődésével, új önálló tárgyak jelentek meg a képzésben. Ettől függetlenül az úgynevezett ideológiai tárgyak megjelenése jelentős óraszámot vett el a szakmai képzéstől. Ezek a tárgyak az államvizsgán is meghatározó szerepet játszottak, a teljesen szakmai jellegű államvizsgarendszerre 1963-ban tértek vissza. 1985-ben bevezették a kötelező diplomamunkát, az írásban elkészített szakdolgozatot.

A különböző reformelképzelések nem mindig váltak be a gyakorlatban. Kivételt jelentett az ún főiskolai karok létesítése, amelynek célja volt a gyakorló orvosok legfontosabb munkatársait, a diplomás ápolók és ápolónők, az intézetvezető főnővérek, a gyógytornászok, mezőtisztek magasabb szintű képzése. A képzés előbb 1973-ban az Orvostovábbképző Egyetem főiskolai karán indult el, hamarosan minden vidéki egyetemen is megvalósították. A rendszerváltozás után (2000-ben) megszüntették a Haynal Imre Egészségtudományi Egyetemet (az Orvostovábbképző Egyetem jogutódját, beolvasztották a Semmelweis Egyetembe. Ide csatolták még a Testnevelési Egyetemet is. A Pécsi Tudományegyetem része lett az ottani Orvostudományi Egyetem is. Hasonló folyamat játszódott le Debrecenben is: A Kossuth Lajos Tudományegyetem és az Orvosi Egyetem egyesítéséből jött újra létre a Debreceni Egyetem. Változatlan formában egyedül a Szent-Györgyi Albert Orvostudományi Egyetem maradt meg. A pécsi orvosegyetemhez tartozott kaposvári kihelyezett egészségügyi kar beolvadt a Berzsenyi Dániel Egyetembe, de ez játszódott le a szombathelyi egészségtudományi karral is, amely a Nyugat-Magyarországi Egyetem része lett.

A hazai orvosképzés nagy utat tett meg, a jelen formákból nehezen fedezhető fel a kiinduló pont, a nagyszombati egyetem orvosi karának kontúrjai, de a múlt felidézése mindig hasznos a jelen problémáinak megértéséhez.