Korábbi területe a lecsapolások és partrendezések miatt mintegy felére csökkent (21,5 km²), és mára már erősen összeszűkült a nyugati medencerészt korábban kitöltő, a mai tóval csaknem azonos méretű tó (mocsár), a Dinnyési-fertő (Nádas-tó). A nádasok a maradék részen az ismétlődő kotrások ellenére is mintegy 40%-ot tesznek ki. Az átlagos vízmélység alig több 1 m-nél. A víz utánpótlását a tó méreteihez képest nagy, mintegy 600 km²-es vízgyűjtő területről számos kis vízfolyás biztosítja. Köztük a Zámolyi-medencén átfolyó Császár-víz a legjelentősebb, de viszonylag jó szabályozó szerepét a rajta épült két víztározó (együttes kapacitásuk közel 30 millió m³) is segíti. Mivel torkolata és a túlfolyó dinnyés-kajtori-csatorna kifolyási helye egymás szomszédságában, a tó nyugati végén van, így a vízcsere (átöblítés) a tóban korlátozott. Ezért annak keleti felében mind a sótartalom (2500 mg/l), mind a szennyezettség nagyobb. A szabályozott vízpótlás ellenére a legutóbbi időben is előfordulnak erősen vízhiányos évek, s a tóra kiépült idegenforgalom védelmére erős viták közepette itt már megtörtént az átvezetéses vízpótlás (Kincsesbányáról). Egyes adatok szerint a tó az utóbbi másfél ezer évben 13-szor száradt ki. Mivel a Velencei-tó Budapesthez közeli fekvése miatt a II. világháború után fellendülő nyári idegenforgalom egyik legkorábbi célterülete lett, a tóra meglehetősen átgondolatlanul rázúduló idegenforgalmi terhelés súlyos veszélybe sodorta, és számos hátrányos következményével napjainkig kell birkózni.