A légembólia mellett a leggyakoribb a nem megfelelő antikoagulálás miatt kialakuló thrombembolia. A katéterezés során idegen anyagokat vezetünk az érpályába, ezért minden esetben gondoskodni kell a megfelelő antikoagulálásról. Femoralis behatolás esetén diagnosztikus katéterezéshez heparint nem adunk a betegnek, nem szabad azonban elfeledkezni arról, hogy a használt katétereket, egyéb eszközöket előre elkészített heparinos oldattal mossuk át a beavatkozás előtt (5000 E/500 ml Salsol infúzió). Amennyiben a koronarográfiával egy ülésben jobbszívfél-katéterezést is végzünk, a radialis behatoláshoz hasonlóan direkt heparin adása javasolt, mivel az alacsonyabb áramlási sebesség miatt a vénás oldalon a katéter felületén jóval nagyobb a thrombus kialakulásának veszélye. A légembóliákkal ellentétben, ha cerebrális thrombembolisatio alakul ki, ennek kimenetele roszszabb indulatú. A thrombotikus szövődmények rendkívül veszélyes speciális esete a retrográd CTO-rekanalizáció során előforduló donor-ér trombózis. Ez a szövődmény igen nagy terület heveny infarktusát és általában a keringés azonnali összeomlását eredményezi. Amennyiben nem észleljük, vagy nem tudjuk elhárítani nagyon rövid időn belül ezt a fatális szövődményt, akkor a beteget nem tudjuk megmenteni.