Hasonlóan más nagy-elméletekhez, a neofunkcionalizmus is az integrációt, annak dinamikáját és mélyülését magyarázza, így nehézségei vannak a gazdasági integráció tényleges határainak és korlátainak beazonosításával (Niemann–Ioannou, 2015). Ez azonban nem jelenti azt, hogy a neofunkcionalizmus ne próbálta volna valami módon a dezintegrációt is beilleszteni az elemzésbe. Haas és Schmitter (1964: 708–709) már a neofunkcionalizmus korai szakaszában úgy vélte, hogy amennyiben az integráció kulcsszereplői úgy érzékelik, hogy jólétük nem gyarapodik, hanem a gazdasági integrációnak betudhatóan csökken, akkor – racionális válaszként – a mélyülés ellen fordulnak, és megindul a szétesés. Az integráció kétirányúvá válásában tehát továbbra is a gazdasági érdek dominál. Ha a gazdasági érdek az integráció előrelendítésében nem elég erős vagy okafogyottá válik, akkor nem várható a politikai egységesülés sem (hacsak nem kényszerből cselekednek így a felek). Schmitter (1970) a szétesés lehetőségére – a spillover analógiájára – spillbackként, visszacsapódásként hivatkozott, hivatalosan is bevezetve a neofunkcionalizmus szótárába a dezintegrációt. Eszerint a spillback az a szituáció, amelyben az érintett tagok a továbbiakban nem kívánnak nemzetek feletti szinten kínált közös politikákkal reagálni valamely kihívásra. Később a dezintegráció lehetőségével külön is foglalkozott (több helyütt is) a neo-neofunkcionalizmus atyja, és úgy definiálta azt, mint ami egyet jelent az aktorok (a tagállami kormányok, valamint a transznacionális csoportok) krízisekre való válaszképtelenségével (Schmitter, 2004).