A csontvelőből kikerülő T-sejt előalakokra még keserves próbák várnak, a csecsemőmirigyben (timusz) spártai nevelésre számíthatnak, amelynek során óriási szelekción esnek át. A történethez hozzátartozik, hogy a T-sejtek többsége másféle „nyelven beszél”, mint az antigénnel (pl. baktériummal) közvetlenül reagáló B-limfocita és terméke, az ellenanyag. A T-limfocita nem önmagában és nem változatlanul veszi észre az antigént. A T-sejtek csakis genetikailag meghatározott, ún. szövettűrési (hisztokompatibilitási) antigénekkel (lásd: 6. fejezet), emberben a HLA-molekulákkal együtt ismerik fel az antigén „morzsáit”, fehérjék esetén ezek peptidjeit. A szervezetben található T-sejtek ezen felismerési „képessége” a timuszban, a szelektálódás révén alakul ki. Ide jut ugyanis a csontvelőben kialakult elsődleges T-sejt repertoire, amelynek a mérete még nagyobb, mint a B-sejteké. Egy bámulatosan szabályozott folyamat során a timuszban először azok a T-sejtek halnak meg (kapnak selyemzsinórt, követnek el – sejt szinten – öngyilkosságot), amelyek véletlenszerűen kialakult antigénreceptora (lásd génátrendeződés, „kártyaleosztás”) nem képes a saját HLA-molekulákat felismerni. Ezek „felesleges” T-sejtek, nincs is rájuk szükség, mert ahogy jeleztük, egy érett T-sejt csakis a HLA-molekulák „foglalatában” ismeri fel az antigén darabkáit. Az ezt a próbatételt túlélő T-sejtek exodusa tovább tart. A sejtek ezután továbbvándorolnak a csecsemőmirigy rögös útjain (a kérgi részből a velő irányába), és a második lépésben most már azok pusztulnak el, amelyek a saját HLA mellett a saját antigéneket merészelik felismerni. Ezek „veszélyes” T-sejtek lennének, fennmaradásuk autoimmun betegségekhez vezetne. Részben így alakul ki a saját-tűrés, az immuntolerancia (lásd: 21. fejezet, tehát az immunrendszer azon képessége, hogy megkülönbözteti a saját antigéneket (és nem reagál velük, nem károsítja azokat) a nem sajáttól. Így már csak a „hasznos” T-sejtek maradnak meg, amelyek a HLA-antigének foglalatában az „idegennek” felismert antigénpeptideket veszik észre. A timusz tehát az immunrendszer Waterlooja, a csontvelőből kikerülő elő-T-sejtek mintegy 95%-a (!) elpusztul. Persze az óriási repertoire (több ezer milliárd T-klón lehetősége) révén még a maradék 5% is hatalmas redundanciát jelent és bőségesen elegendő az immunválasz lebonyolításához.