A makrofotózás különleges területét képezi az akváriumi fotózás. Ennek során kisméretű akváriumokban fotózunk vízi élőlényeket. Az akvárium berendezésekor törekedjünk a természeteshez hasonló környezet kialakítására, amiben segítségünkre lehetnek a folyó vízben jól átmosott, az eredeti élőhelyről származó kövek, ágdarabok és vízinövények. A fotóakvárium feltöltésére az eredeti élőhelyről származó tiszta vizet vagy kilevegőztetett csapvizet használhatunk. A tengeri és egyes édesvízi élőlények igen érzékenyek a víz összetételének megváltozására, ezért esetükben csak az eredeti élőhelyről származó víz használható az akvárium feltöltésére. Ha csapvizet használunk a fotózáshoz, akkor a hideg vizet már több órával a fotózás előtt eresszük ki tárolóedényekbe, például tiszta pillepalackokba. A fotózásig eltávozik a csapvízbe nagy nyomáson beoldódott levegő, így a fotózás közben már nem válnak ki és jelennek meg a víz alatti tárgyakon és élőlényeken légbuborékok, amelyek jelentősen ronthatják az elkészült fotó minőségét. Az akvárium megvilágítását ennek két szemben lévő oldalán elhelyezett vakuval célszerű megoldanunk, amelyek felülről kb. 45o-os szögben világítják be a fotótémát. A vakuk közül elég, ha csak az egyik TTL-es vezérlésű, a másikat manuális üzemmódban is használhatjuk derítésként. Oldalról és felülről is fotózhatunk. Ha oldalirányból fotózunk, akkor ügyelnünk kell arra, hogy az üveg külső és belső felszíne is tiszta legyen, mert nagy nagyításnál az apró porszemek is zavaró elemként jelenhetnek meg fényképeinken. Az esetleges torzítások elkerülése érdekében célszerű a fotóakváriumainkat minél vékonyabb (1 mm) üveglapokból elkészítenünk. De a normál, 2–3 mm-es ablaküvegből készült akváriumok is jól használhatók víz alatti makrofotózáshoz. Ha nagyobb méretű vízi élőlényekről, például halakról vagy tízlábú rákokról készítünk térhatású fotókat, akkor nem feltétlenül kell a legszűkebb rekesznyílást alkalmaznunk, ami lehetőséget ad arra, hogy a vaku helyett más megvilágítással dolgozzunk. Az akváriumot bevilágíthatjuk nagy fényerejű halogén- vagy LED-lámpákkal, napfénnyel és a különböző megvilágításokat kombinálhatjuk is egymással. Erős, ugyanakkor hideg fényük miatt kifejezetten jól használhatók a több power LED-et tartalmazó lámpák, amelyek, figyelembe véve a korszerű digitális fényképezőgépeken beállítható nagy fényérzékenységet, a vakuhasználatot is teljes mértékben kiválthatják. Így a fénykép vagy filmfelvétel fényviszonyait könnyen be tudjuk állítani már előre a kívánt módon.