Az innovációs tevékenység mérésére és irányítására a jelenleg alkalmazott rendszer másik nagy kihívása, hogy az üzleti célú vállalati kutatás-fejlesztési projektek teljesítménye nem kerül kimutatásra és számbavételre a vállalati kutatás-fejlesztési tevékenység és az innovációs aktivitás értékelése során. Ennek az alapvető oka, hogy az érintett vállalatok nem ismerik fel az üzleti célú vállalati kutatás-fejlesztési projekteket, ezért ezeket nem is kezelik innovációs és/vagy kutatás-fejlesztési aktivitásként. Ahogyan az üzleti modellek és a vállalati innovációs tevékenység szoros kapcsolatának bemutatása során rámutattunk, jelentős számú olyan vállalkozás van, amely rendszeresen végez üzleti célú kutatás-fejlesztési tevékenységet. Az Innovációs törvény módosítása (2014. évi LXXVI. törvény) már lehetővé teszi a nagy értékű prototípusok üzleti célú hasznosítását, tehát értékesítését, ezért nincs olyan tiltás és/vagy hátrány, ami akadályozná az ilyen kutatás-fejlesztési tevékenységnek mint az innovációs tevékenység aktivitásának a kimutatását. Javaslatunk szerinti ezeket a kutatás-fejlesztési tevékenységeket is számszerű mutatókkal figyelembe kellene venni az innovációs aktivitás mérése és kimutatása során. Mivel a vállalatok ezekben a projektekben értékesítési célból hoznak létre eredménytermékeket, az ezekből a projektekből származó bevétel, valamint az ebből a bevételből származó jövedelem lehetne e projektek, illetve az ezekben végrehajtott innovációs tevékenységek számszerű mutatója. Így az innovációs teljesítmény mérése során a vállalati tevékenységnek ezt a részét is szükségesnek tartjuk kimutatni és számba venni.