A Pozsony és Szap közötti Duna-szakasz hajózhatóságának javítására és a vízi erő kihasználására számos terv született a 19. század végétől. A vízépítés tervezése és végrehajtása a Duna csehszlovák–magyar határrá válása után (1920) értelemszerűen nemzetközi kérdés lett. A Duna-szakasz komplex hasznosítása érdekében a második világháború után szovjet részvétellel történtek lépések, készültek tervek. 1956-ban a KGST határozatot hozott a Duna Pozsonytól a Fekete-tengerig tartó szakaszának ún. komplex hasznosításáról, amelyben már szerepeltek energetikai célú vízlépcsők is. Magyarország és Csehszlovákia először 1963-ban írt alá egy megállapodást arról, hogy programot dolgoznak ki a Duna energiájának hasznosítására, a vízi út javítására és az árvízvédelemre, de a két állam csak 1977-ben írta alá azt a szerződést, amelyben megállapodtak a Bősnél (Gabčikovo) és Nagymarosnál építendő vízierőmű-rendszerről. A későbbi vita kialakulása szempontjából fontos szempont az, amit Hajdú Zoltán a magyar vízerő-hasznosítás történetéről írott tanulmányában kifejt: „A magyar vízerőmű-építési tervek akkor valósultak meg, ill. a Dunán akkor fogalmazódtak újra, amikor már jelentkeztek mind a szovjet, mind pedig a másutt felépített síkvidéki erőművek környezeti problémái, s alapvetően módosult, majd megváltozott előbb a nemzetközi, később a magyar tudomány környezetfelfogása, környezethasznosítási értékrendje” (Hajdú 1999b). Itt most nem kívánunk részletesen foglalkozni az eseménytörténettel, mert azt már sok szerző különböző nézőpontból megtette. Az építkezés a bekövetkezett gazdasági problémák miatt csúszott, a szerződés szerinti határidőt módosították is 1983-ban, de az évtized első felében egyre több olyan kezdeményezés látott napvilágot, amely az építkezés további elhalasztását, esetleg leállítását ösztönözte, ezek közé tartoznak a Magyar Tudományos Akadémia állásfoglalása 1983-ban, valamint a Duna Kör civil szervezet megalakulása. A rendszerváltás időszakának politikai törekvései összekapcsolódtak a vízi erőmű építésének kérdésével. Az erőmű mintegy a megdöntendő hatalom szimbólumává vált, s egyre szélesedett az a mozgalom, amely az építkezés leállítását követelte. Így a magyar kormány 1989-ben felfüggesztette az építkezést, majd az Országgyűlés annak teljes felhagyásáról döntött. Csehszlovákia az építkezés befejezése mellett foglalt állást, még azon az áron is, hogy a Duna csehszlovák oldalán, illetve rövid belföldi szakaszán egy kisebb tározó építésével oldja meg a kivitelezést, a vizet elterelve (ez az ún. „C” változat). A csehszlovák kormány 1991 végén döntött a saját változat megépítéséről, s 1992-ben végre is hajtotta azt. Október 25-én terelték el a Duna vizét Dunacsúnynál (1851,75 fkm), mintegy 40 km hosszúságban csehszlovák területre, az ott megépített mesterséges mederbe (üzemvízcsatorna). A víz csak Szapnál tér vissza az eredeti medrébe. Mindmáig az érkező vízmennyiség nagy része ezen az útvonalon folyik, kezdetben ez 80–90%-ot tett ki. 1992 őszén a két állam a Hágai Nemzetközi Bírósághoz fordult. A vízmegosztás kérdéséről 1995-ben Budapesten átmenetileg megállapodtak, miszerint Szlovákia (az időközben szétvált Csehszlovákia után az utódállam lett a szerződések és a probléma jogutódja) köteles másodpercenként 400 köbméter vizet az eredeti (közös) Duna-mederbe engedni. A mennyiség az eredeti vízhozam (1500 köbméter/másodperc) töredéke, nem is beszélve arról, hogy a biztosítandó vízmennyiséget átlagos értékként kell kezelnünk, tehát kisvíz idején még ennél is kevesebb érkezett. Mindez súlyos természeti-környezeti károkat okozott a magyar oldalon a Szigetközben, amely ellen Magyarország ideiglenes vízkormányzási eszközökkel védekezett.