A kontrolling szakma specializálódásának következményeképpen ma már mind a logisztikai szolgáltató cégek kontrollingrendszerének specialitásaival, mind a vállalaton belüli logisztikai kontrolling problémakörével foglalkozik a szakirodalom. Fejezetünk elsősorban ez utóbbira fókuszált. A logisztikai kontrolling a logisztikai folyamatokat ellátó szervezeti egységek vezetőinek munkáját támogatja. Három szintjét különböztetjük meg: logisztikai folyamatok, logisztikai rendszermenedzsment, stratégiai szint. A folyamatok megfelelő kontrollálásához meg kell érteni a logisztikai költségek viselkedésének természetét. Ebben nyújt segítséget a fejezetben bemutatásra került tevékenységalapú költségszámítás, illetve ennek továbbfejlesztett változata az idővezérelt tevékenység alapú költségszámítás. A logisztikai szervezeti egységek ugyanakkor nemcsak a költségek alakulásáért, hanem az általuk nyújtott szolgáltatások színvonaláért is felelősek. A teljesítmény több szempontú megközelítése jelenik meg a fejezetben tárgyalt kiegyensúlyozott stratégiai mutatószámrendszerben. A kontrollingrendszer egyrészt egy jelzőrendszerként működik, a terv-tény összehasonlításon keresztül felhívja a figyelmet a problémás területekre, másrészt motivációs funkciója is van. A logisztikai egységek szolgáltatásokat nyújtanak más szervezeti egységek számára, ennek a „beárazása” jelenik meg a belső elszámoló árakban.