A hatóanyag tisztaságának a fejlesztés elején legalább 98%-os, a fejlesztés vége felé előnyösen 99%-os tisztaságot kell elérnie úgy, hogy lehetőleg ne tartalmazzon a fejlesztés elején 1,0%-nál, a végén 0,5%-nál nagyobb mennyiségben szennyezést. A fejlesztés elején minden 0,2%-nál, míg a fejlesztés végén minden 0,1%-nál nagyobb mennyiségben előforduló szennyezés szerkezetét tisztázni kell, és ha lehet, azt szintézissel is alá kell támasztani. A szerves szennyezők mellett meg kell határozni az esetleges szervetlen és fémszennyezők mennyiségét, amelyek tartalmát a gyógyszerkönyvek szigorúan limitálják. Optikailag aktív, királis hatóanyagoknál az enantiomerszennyezés mennyiségét általában 2%-ban maximálják. A gyógyszerhatóanyagnak egységes polimorfként kell előfordulnia, mert a jelen levő egyéb polimorf módosulatát a hatóságok szennyezésként értékelik. A hatóanyagszennyezés profilja jellemző az alkalmazott előállítási útra. Ha a későbbi gyártás során új szennyezés jelenik meg (pl. mert az egyik alapanyagot új beszállítótól veszik, aki azt eltérő úton állította elő, és ezért eltérő szennyezéseket tartalmaz a korábbitól), az jelentős időveszteséget jelent a fejlesztés során. Addig, ameddig a szennyező anyag szerkezetét és lehetséges hatását nem tisztázták, a további vizsgálatokat átmenetileg le kell állítani.