A ligandumalapú módszerek szűrési kritériumait aktív (és esetenként inaktív) molekulákra épülő modellek alapján állítjuk fel, amelyek a hasonlósági elvre épülnek (similarity principle: hasonló szerkezet – hasonló hatás). A hasonlósági elv adja a szerkezet-hatás összefüggések (SAR) felállításának elvi alapját is. A molekulák közötti hasonlóság megállapítása azonban sok esetben nem triviális feladat. Egy vegyész számára két molekula hasonlósága sokszor szembetűnő, azonban ez a fajta intuíció matematikai összefüggésekkel nehezen írható le. Mivel az intuitív megközelítés a virtuális szűrés körülményei között (több millió vegyület gyors szűrése) gyakorlatilag lehetetlen, ezért a molekulák jellemzésére a VS során jól definiált, (könnyen) számítható molekulaleírókat ún. deszkriptorokat (pl. Mw, logP, PSA) használunk, amelyek egyszerű matematikai összefüggések alkalmazásával összehasonlíthatók. A problémát azonban az okozza, hogy a lehetséges deszkriptorok száma szinte végtelen, és nehéz megmondani, hogy ezek közül melyek hozhatók közvetlen összefüggésbe a számunkra kívánatos biológiai hatással. Elsőként 1909-ben Paul Ehrlich definiálta a farmakofór fogalmát mint azon szerkezeti elemek összességét, amely a gyógyszer (farmakon) biológiai aktivitásához esszenciális tulajdonságokat hordozza (phoros) (Ehrlich 1909). Később ezt úgy pontosították, hogy a farmakofór a molekulának azon szerkezeti tulajdonságait foglalja magában, amelyeket a receptor kötőhelye felismer és felelősek a biológiai hatásért (Gund 1977). A IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) definíciója szerint a farmakofór azon sztérikus és elektromos tulajdonságok összessége, amelyek szükségesek az optimális intermolekuláris kölcsönhatások kialakításához és így egy specifikus célfehérje hatásának serkentéséhez (vagy gátlásához) (Wermuth és mtsai 1998). Ugyanakkor létezik a farmakofórnak egy ennél általánosabb és lényegesen egyszerűbb definíciója is, amely szerint a farmakofór minden, ami egy molekulát aktívvá tesz (van Drie 2005). Amennyiben a molekulák jellemzésére deszkriptorokat használunk, a farmakofórt úgy is felfoghatjuk, mint a biológiai hatással összefüggésbe hozható (farmakofór) deszkriptorok azon értékeit, amelyek az aktív molekulákra jellemzők.