Az előző fejezetben bemutattuk a molekulaleírók legfontosabb típusait. A következő lépés a deszkriptorok és a biológiai hatás közötti összefüggés megtalálása/leírása – az SAR-modell felépítése. A modellépítéshez használt molekulaleírók számát több okból is érdemes alacsonyan tartani. Egyrészt így a számolások időigényét csökkenteni tudjuk. Másrészt minél több molekulaleírót használunk, annál nagyobb az esély arra, hogy ezek korrelálnak egymással, vagyis nem adnak hozzá új információt a modellünkhöz. Célszerű tehát az egymással korreláló deszkriptorok közül csak egyet megtartani. Harmadrészt, a molekulaleírók számának növekedésével a véletlen korreláció lehetősége is nő. A deszkriptorok számának csökkentése abból a szempontból is lényeges, hogy a VS során a tesztelendő molekuláktól ne követeljük meg, hogy a biológiai hatás szempontjából lényegtelen leíróikban is hasonlítsanak az aktív vegyületekre. Fontos tehát a hatás kiváltásában szerepet játszó deszkriptorok kiválogatása. Ezt a folyamatot alapvetően meghatározza a rendelkezésre álló referenciamolekulák készlete. Amennyiben a referenciamolekulák száma kicsi és nincs, vagy csak pontatlan (pl. HTS-ből származó) aktivitásadat tartozik hozzájuk, akkor érdemesebb úgynevezett klasszifikációs modelleket készíteni, amelyek a szűrendő adatbázis molekuláit két (aktív, inaktív) vagy több (pl. nagy, közepes, kis aktivitású) csoportba sorolják. Ha sok referenciamolekulára pontos aktivitásérték áll rendelkezésre, akkor ún. regressziós modellekkel a biológiai aktivitás becslésére is lehetőség van. Aszerint, hogy a biológiai aktivitás és a deszkriptorok között milyen összefüggést állítunk fel, megkülönböztetünk lineáris és nemlineáris modelleket.