Az előzetes vizsgálatok alapján (pl. szabadalmi helyzet, kiindulási vegyületek kereskedelmi hozzáférhetősége, reakcióút hossza, várható hozamok, reakcióbiztonság stb.) a kiválasztott szintézisút/utak egyes lépéseinek alaposabb tanulmányozása, a reakciók optimális körülményeinek megismerése elengedhetetlen a biztonságos méretnöveléshez. Előfordulhat, hogy egyes reakció megvalósítására több lehetőséget is mérlegelnünk kell. Például az idő szorításában (ne feledjük, amíg nem biztosítottuk a klinikai vizsgálatokhoz szükséges mennyiségű és minőségű hatóanyagot, addig a fejlesztés kritikus útján vagyunk!) az addigi legelőnyösebb eljárást méretnöveljük, de közben előnyösebb reakcióváltozat vagy kevésbé veszélyes, robusztusabb reakciókörülmények kifejlesztése érdekében folytatjuk a laboratóriumi kísérleteket. Ez az eset az egyre bonyolultabb, esetleg több kiralitáscentrumot tartalmazó hatóanyagok szintézisénél a szintézisút elején található intermedierekkel gyakran előfordul. A korai kémiai fejlesztési szakaszban előfordul 20 vagy ennél is több kémiai lépést tartalmazó eljárás. A kémiai fejlesztés ezen szakaszán a limitált kapacitást a szintézis befejező szakaszára koncentráljuk, a hatósági dossziéban ismertetésre kerülő reakciókat igyekszünk mind jobban megismerni, kiismerni, hogy a későbbiekben e lépéseket ne, vagy csak kis mértékben kelljen igazítani, módosítani.