Az elektroanatómiai térképező rendszert az előzőekhez hasonlóan állítjuk össze. Amint sikerül kiváltani a ritmuszavart, a térképező katétert az érintett üregbe vezetjük. Ha a fókusz helye biztosan a jobb pitvarban van, akkor csak jobb pitvari aktivációs térkép készül. Ha a fókusz helye kérdéses, akkor önálló térkép készül a jobb és bal pitvarról, illetve esetenként a sinus coronariusról. Ha a tachycardia biztosan fokálisnak bizonyul, akkor a stabil referenciaelektródhoz eső legkorábbi aktiváció helyét célozzuk meg az ablatio számára. Fontos ügyelni arra, hogy kizárjuk a reentry mechanizmust, mint kiváltó okot. Néhány esetben egyedi nehézségek adódhatnak. Először is fascicularis vagy junctionalis tachycardia esetén a kamrai elektrogram alapján a legkorábbi aktiváció helyét könnyű távol kijelölni a tachycardia forrásától. Az elektroanatómiai térképezés során érdemes két térképet készíteni, az újratérképezés eszközét használva. Az első térkép a szokásos kamrai aktivációs térkép, ahhoz, hogy a legkorábbi aktiváció helyét megtaláljuk, a kamrai elektrogram QRS-hez mint stabil referenciához viszonyítva (179). A második térkép specifikusan katalogizálja a prepotenciál-, illetve Purkinje-területek aktivációjának mintázatát. Az elektroanatómiai térképezés előnye, hogy a nehezen kiváltható tachycardiák esetén empirikusan is lehet az előző helyeken ablálni. Másodszor, nagy odafigyelésre van szükség, hogy az elektrogramot a megfelelő üreghez rendeljük hozzá. Például a crista terminalis közelében kialakuló tachycardiák dupla potenciáljaik miatt több helyhez is rendelhetők. Ha csak a legkorábbi potenciálokat használjuk fel az aktivációs térkép készítéséhez, akkor a legkorábbi aktiváció helyét esetleg egy távoli potenciál mutathatja, mely a crista terminalis másik oldalán lévő legkorábbi aktiváció. Több hasonló korai aktivációs helyet lehet találni ilyen térképezési technikával (180, 181). A legjobb taktika, ha csak a legkorábbi közeli potenciálokat vesszük számításba. Harmadszor, a congenitalis szívbetegségben szenvedő betegek esetén nagyon fontos, hogy minden tachycardiával kapcsolatos területet fel kell térképezni. Ez nehéz, ha posztoperatív állapot, vagy veleszületett ok miatt egyes területek nem hozzáférhetőek a katéterrel.