Meg kell azonban jegyezni, hogy bármilyen fontos elv a szabályosság, a gyakorlatban sokszor találkozunk szabálytalan hangváltozással is, vagyis kivételekkel a hangtörténeti szabályok alól. Ez problémát jelenthet, hiszen ha mindig szabályos módon fejlődnek a hangok, akkor hogyan tudjuk az ilyen szabálytalan eseteket magyarázni? Részben azzal lehet erre a kérdésre válaszolni, hogy az uráli nyelvcsaládon belül nem ismerjük mindegyik nyelv hangtörténetét olyan jól, mint pl. a finn vagy a magyar nyelvét, így előfordul, hogy egy-egy rokon nyelvben valamelyik hang fejlődését nem tudjuk megfelelően megmagyarázni. De éppen mert nem ismerjük az adott nyelv hangtörténetét tökéletesen, lehet, hogy csak látszólagos szabálytalanságba ütköztünk, és előbb-utóbb kiderül, mi az a tényező, ami miatt a megfelelés szabálytalannak tűnt – miközben valójában szabályos. Lehetséges továbbá, hogy a szabálytalan alakok egy régebbi nyelvjáráskeveredésnek az eredményei (erről lehet szó pl. akkor, amikor a magyarban a szó eleji p-nek b a folytatása a várható f helyett, ahogy a következő alfejezetben látható), bár ezt sokszor nehéz egyértelműen bizonyítani. Azt is tudni kell, hogy affektív szavakban (hangfestő és tabuszók) sokszor találunk kivételeket a szabályos hangváltozások alól.

Külön említendő tényező még a grammatikai funkció, aminek sokszor lehet konzerváló ereje. Az észt nyelvben például a szó végi n szabályosan lekopott, de az igeragozásban mégis megmaradt az -n az egyes szám első személy ragjaként (pl. ma loen ’én olvasok’). Ha ott is lekopott volna az -n, nehezebb lenne megkülönböztetni a különböző ragozott igealakokat; itt tehát egyértelműen látjuk, hogy a grammatikai funkció konzerváló ereje nagyobb volt, mint a hangváltozási szabály ereje.

Végül meg kell említenünk az analógia jelenségét, amely nagyon fontos tényező a történeti hangtanban, de ugyanúgy a történeti alaktanban is, mert sokszor elhomályosítja a változások szabályosságát. Az analógia azt jelenti, hogy a beszélők kicserélnek egy régi, nem túl gyakori és épp ezért rendhagyónak minősülő mintát egy újabbra és gyakoribbra. A mai magyarban például már gyakran mondjuk azt, hogy lét, ha a lé szó tárgyragos alakját használjuk, noha a történetileg helyes, szabályos alak a levet lenne. Ugyancsak analógiával van dolgunk akkor, amikor az eredeti ajtaja helyett azt mondjuk, hogy ajtója. A minta, amelyet használunk, mindkét esetben az -é, -ó stb. végű egyalakú tövek (kópé, kávé, hajó, szabó) típusa. Ha mélyebben belemegyünk a hangtörténetbe, találunk olyan példákat is, mint a hét számnév, amelynek a h hangja szabálytalan, analógiás: *ét lenne az a megfelelő, amelyet a rokon nyelvek segítségével rekonstruált alakból a szabályos hangmegfelelések segítségével levezethetnénk, de feltehetően a hat számnév (amelyben szabályos a h-) mintájára ebből az ét-ből hét lett.

Azaz összegzésül azt lehet mondani, hogy bár időnként beleütközhetünk látszólag szabálytalan hangmegfelelésekbe, a szabályos megfelelés, illetve szabályos változás fogalma és ezek keresése a legfontosabb módszertani elv a történeti hangtan kutatásában, s enélkül nem tudjuk a hangtörténet problémáit vizsgálni.