A közösségi KFI-szakpolitika és keretprogramok a kezdeti időszaktól a 2000-es évekig döntően a technológiai fejlesztésekre és az ipari versenyképesség erősítésére fókuszáltak, az alapkutatások támogatása pedig elsősorban a tagállamok szintjén valósult meg (Nedeva–Stampfer, 2012). Ez egyrészt a jogszabályi megalapozás hiányával volt magyarázható, hiszen a Maastrichti Szerződésig csak a gazdasági és ipari fejlődés, a versenyképesség előmozdításához kapcsolódóan volt jogcím közösségi szintű kutatási-fejlesztési programok indítására. Másrészt abból a meggyőződésből is fakadt, hogy Európa vezető szerepet tölt be az alapkutatások területén, miközben a tudományos eredmények ipari, gazdasági hasznosítását tekintve lemaradóban van az USA és Japán mögött. Így a valódi európai hozzáadott értéket az alkalmazott kutatások támogatásában látták. Az alapkutatási tevékenységek európai szintű támogatása, szervezése ennek köszönhetően inkább multilaterális keretekben zajlott egészen a 2000-es évek elejéig, olyan nagy léptékű, világszínvonalú kutatási infrastruktúrákhoz kapcsolódóan, mint a CERN vagy az EMBL, vagy olyan koordinációs szerepet betöltő ernyőszervezeteken keresztül, mint az Európai Tudományos Alap (European Science Foundation – ESF). A negyedik keretprogram már lehetőséget biztosított az alapkutatások támogatására, ekkor kerültek bevezetésre a kutatói mobilitást és karrierfejlesztést támogató Marie Skłodowska Curie Akciók, ezzel egyetlen „brand” alá szervezve a kutatók képzését és mobilitását támogató felhívásokat. Mindez fontos szemléletbeli változást jelzett, de a program költségvetése és a támogatott tevékenységek léptéke nem járt együtt szerkezeti változással az alapkutatások uniós szintű támogatásában. Valódi elmozdulás a 2000-es évek elején történt: a lisszaboni célokkal összhangban – amelyeket az előző fejezetben részletesen bemutattunk – az Unió tudásalapú gazdasággá válásának egyre fontosabb tényezőjeként tekintettek az európai tudásbázis, a tudományos kapacitások erősítésére. A 90-es évek végére az is nyilvánvalóvá vált, hogy Európa nem csak az alkalmazott, de az alapkutatások területén nyújtott teljesítményével is az USA és Japán mögé szorult, így a változó globális körülményekre az uniós KFI-szakpolitikának is reagálnia kellett. 2003-ban a dán uniós elnökség felkérésére egy szakértői csoport (ERC Expert Group, 2003) megvizsgálta egy európai szintű kutatási tanács létrehozásának lehetőségeit. A szakértők az európai hozzáadott érték fogalmának újradefiniálását javasolták, amely addig a különböző országok kutatói közti együttműködést helyezte a középpontba. Véleményük szerint az új definíció az európai kutatók közti, kiválóságon alapuló versenyt kell, hogy fókuszba állítsa, és a létrehozandó Európai Kutatási Tanácsnak is ezt az elvet követve kell működnie. A többéves előkészítő munka eredményeként végül a hatodik keretprogram idején, 2007-ben került felállításra az Európai Kutatási Tanács (European Research Council – ERC), az első európai szintű, alapkutatást finanszírozó ügynökség, amely azóta az egymást követő keretprogramok állandó, meghatározó és széles körben elismert elemévé vált. Az ERC alapvető céljai, keretrendszere és működési elvei a lényeget tekintve nem változtak felállítása óta: kockázatos, tudományos áttörést ígérő, az európai kutatási rendszerben strukturális fejlődést elindító csúcsminőségű kutatásokat támogat. Az ERC több szempontból is eltér az uniós keretprogram egyéb részeitől. Nem határoz meg szakterületi prioritásokat és kutatási célokat, a kutatók bármely tudományterületről nyújthatnak be pályázatot (bottom-up megközelítés). A támogatások odaítélésének egyedüli feltétele a tudományos kiválóság. A program a kezdeményező kutatókat helyezi középpontba: olyan vezető kutatók (Principal Investigator) pályázhatnak életkorra, nemre és származási országára vonatkozó bármely megkötés nélkül, akik Európában tervezik a projektek végrehajtását.