A módszerek bemutatása előtt tekintsük át a növényi GMO-k alaptípusait! Az ún. ciszgenikus növények esetében a beépített gén a befogadó fajból vagy annak őséből, illetve azzal ivarosan keresztezhető fajokból származik. Logikus lenne, ha az ilyen, saját gént hordozó GM növény termesztésére vonatkozó szabályozás figyelembe venné, hogy a génállomány összetétele lényegében változatlan, a génsebészeti beavatkozás csak az érintett saját gén tulajdonságait módosítja. Hasonló változások következnek be a hagyományos nemesítés során, a keresztezést vagy a szelekciót követően is. Az ún. transzgenikus növények rendszertanilag távoli növényből vagy bármilyen más élőlényből izolált gént hordoznak. Az evolúciós határok átlépése teljesen új tulajdonságokkal ruházhatja fel a befogadó faj növényeit. Az ilyen növények termesztésének előnyeit, illetve kockázatait az új genotípusból eredő tulajdonságok figyelembevételével, esetenként kell értékelni. Egy növény termesztését csak azért tiltani, mert nemesítése során géntechnológiai módszert is alkalmaztak, indokolatlan szakmaiatlanság. A kibocsátási vagy forgalmazási engedélyezés során mérlegelni kell az adott gén és a befogadó faj új kombinációjából származó GM növény egyedi sajátosságait. Ennek szabályait mind az európai uniós, mind a nemzeti törvényi előírások rögzítik.