A korábbiakban ismertetett génbeépítési technológiáknak az a hiányossága, hogy a célgén genomba történő integrációja véletlenszerű, ezért utólag kell meghatározni, hogy a gén hová épült be, illetve okozott-e nem kívánt változást. Erre való tekintettel célszerű több független GM vonalat előállítani, hogy lehetőség legyen a megfelelő tulajdonságot mutató növények kiválogatására. Ennek ellenére a géntechnológiai beavatkozás precizitása sokkal nagyobb, mint a hagyományos keresztezéses nemesítésé, hiszen míg az előző esetben az egyetlen célgén beépülésének helye bizonytalan csak, addig a hibridekben több ezer gén rekombinálódik véletlenszerűen. Természetesen intenzív kutatás folyik a helyspecifikus génbeépítés módszereinek kidolgozása érdekében. Növényi genomok szerkesztését célozzák azok a kísérletek, amelyek a cink-ujj nukleázokra (ZFN) alapozott technológiák kifejlesztését szolgálják. Hasonlóan figyelmet érdemel, hogy génspecifikus mutációkat hozhatunk létre a kémiai úton szintetizált rövid DNS-molekulákkal, azaz oligonukleotidokkal. Az alábbiakban ezt a két megközelítést is indokolt bemutatni, mert a fejlesztések sikeressége esetén fel fog értékelődni az ilyen módszerekkel előállított növények jelentősége.