Az allergiakockázat az új összetevőket – elsősorban a fehérjéket – tartalmazó gazdasági növények esetében alapos okkal felvethető kérdés. Főleg az élelmiszer-allergia, de akár a virágpor-allergia is elképzelhető minden olyan új fajtánál, amelyben új, az allergia kiváltására képes anyagok jelennek meg. Ebből két általános szempont következik. Egyrészt azokkal a génmódosított növényekkel kapcsolatban, amelyekben géncsendesítéssel érik el az új tulajdonságot, az allergia okozása már eleve nem reális kockázat. Mint korábban erről már szó volt, az ilyen növényekben egy már meglévő fehérje szintjét csökkentik le, azaz új fehérje nem keletkezik, tehát nincs, ami új allergiát váltson ki. Másrészt az allergiakockázat minden más, egyébként hagyományos módon – távoli fajták keresztezésével, mutációs nemesítéssel – létrehozott növény esetében is felvethető, ahol esély van arra, hogy új fehérje jelenjen meg a táplálékként fogyasztott növényi részben, vagy előfordulhat, hogy egy potenciális allergén mennyisége megnövekszik. Tehát azok az általánosító riogatások, amelyek igyekeznek a megnövekedett allergiakockázatot a génmódosított növényekhez társítani, alapvetően félrevezetőek: mivel olyan növényekre is ráirányítja a figyelmet, amelyek a kérdésben nem érintettek, illetve mert elsiklik a máshol ténylegesen meglévő kockázatok felett.