Bár a paleopathologia több mint százéves, egységes vizsgálati eljárások nem alakultak ki. Miközben a mindennapi pathologiai munkában rutin eljárássá vált sokféle szövettani festési technika, a hisztokémia, az immunhisztokémia, az őskórtanban még ma sem általános a szövettani és más mikroszkópos megfigyelés. A nagyobb pathologiai intézetekben gyakran történik elektronmikroszkópos képalkotó és mikroanalitikai vizsgálat, a paleopathologiában ritkán végeznek ultrastrukturális elemzést. A recens kórszövettani és a paleopathologiai eljárások közötti különbség több okra vezethető vissza. Az egyik, hogy a diagnosztikus és kutató munkával foglalkozó, túlterhelt pathologiai egységek általában nem végeznek őskórtani vizsgálatokat. Hazánkban a hat egyetemi és kb. száz kórházi kórbonctani osztály közül mindössze egy helyen történik rendszeres paleopathologiai munka. Nincs ez másként külföldön sem, Svájcban egy, Németországban négy, Olaszországban két kórbonctani ill. anatómiai intézet foglalkozik őskórtannal (is). A másik ok a vizsgálati anyag különbözősége. A műtéti vagy bonctermi mintákat viszonylag könnyű feldolgozni, a paleopathologiai anyag technikai előkészítése körülményes, sok buktatót tartalmaz, különleges eljárásokat igényel. Az őskórtani anyagban a sejtek csak kivételes esetben tüntethetők fel, a napi hisztológiai diagnosztika a sejtek jellegzetességeinek vizsgálatán alapul. A szövetvegytani reakciók korlátozottan végezhetők, mert a sejtekhez kötődő anyagok (enzimek, DNS stb.) régészeti anyagon nem, vagy alig vizsgálhatók. Más testépítő és szerkezeti elemek (kollagén, glycosaminoglycanok, egyes nem struktúrfehérjék) évezredeken keresztül fennmaradnak, az őskórtani anyagban is detektálhatók. A paleopathologia vizsgálatok menete, módszerei kutatócsoportonként és azok technikai-felszereltségi adottságai szerint eltérőek. A következőkben a Természettudományi Múzeum Embertani Tárával közösen kialakított feldolgozási stratégiánkat és eljárásainkat adjuk, kitekintve mások metódusaira.