DNS nem csak a maganyagban, hanem a mitochondriumokban is előfordul. A nukleáris DNS apai és anyai szekvenciákat egyaránt tartalmaz, a mitochondriális DNS (mDNS) kizárólag anyai eredetű. Az mDNS ásatag csontokból, múmiákból, ősállati és ősnövényi maradványokból is kinyerhető, amplifikálható és elemezhető. Elsőként Pääbo közölte 1985-ben, hogy 23 egyiptomi múmia közül egynek a szöveteiből sikerült kb. 500 bázispár hosszúságú DNS-láncot analizálnia. Pääbo és munkacsoportja (1994, 1996) úgy véli, hogy kb. 100 000–120 000 ezer éves leleteken megbízható, ennél régebbi korból származókon már nem alkalmazható, ám vannak, akik 120–150 millió éves ősnövényi maradványok DNS-szekvenciáit elemezni tudták. A láncreakcióra épülő DNS-vizsgálatok elsősorban az emberré válás kutatásában, az emberiség migrációjára vonatkozó elképzelésekben hozott igen sok új eredményt, olykor megdöntve évszázados teóriákat. PCR-technikával bizonyították, hogy a neandervölgyi ember nem közvetlen elődje a Homo sapiensnek (Knings és mtsai 1997), továbbá, hogy nemcsak a H. habilis és H. erectus, hanem a H. sapiens bölcsője is Afrika (Armour és mtsai 1996, Haeseler és mtsai 1996, Zischler 1995). A tiroli jégmúmia mDNS elemzése azt mutatta, hogy a „legrégibb európai” szoros genetikai kapcsolatban állt a mai közép- és észak-európai lakosokkal (Handt és mtsai 1994). Azonban nemcsak az ásatag anyag DNS-analízise adhat új információt, hanem a kortárs népesség vizsgálatából is vissza lehet következtetni évtízezredekkel ezelőtt lezajlott történésekre. Az észak-amerikai indiánok mDNS vizsgálata arra utal, hogy a kontinens benépesedése legalább két (eltérő genetikai anyaggal rendelkező) populációval, különböző időpontban történt (Gibbson 1996, Williams 1995). Még érdekesebbek azok az ugyancsak kortárs népességen tett megfigyelések, amelyekkel igazolták, hogy az Afrikában gyakori, öröklődő sarlósejtes vérszegénység eltérő génmutáció következménye a szenegáli és a nigériai őslakosság körében, különböző helyen és időben, eltérő módon alakult ki. Van Dooren és mtsai (1999) ásatag és recens anyagon kimutatták, hogy a human T lymphotrop vírust (HTLV) több mint 400 éve hurcolták be Afrikából Peruba. Nem feladatom részletezni a DNS-, RNS-vizsgálatok perspektíváit, vannak akik már új tudományról, a genetikai, vagy molekuláris archeológiáról beszélnek (Haeseler és mtsai 1996). Egyelőre beláthatatlan, hogy miminden újdonságot tartogat, nem csak az archeológia és paleobiológia, hanem a paleopathologia, paleodemográfia területén is.