Az Orvostörténeti Szakcsoport hivatalosan 1958. február 15-én alakult meg az Egészségügyi Dolgozók Szakszervezetének épületében, amelynek elnökévé Jáki Gyula professzor választották, főtitkára Bencze József, titkára Katona Ibolya lettek, de Jáki néhány hét múlva bekövetkezett halála után – a Szombathely-Sárváron megrendezett vándorgyűlésen (1958. október 4–5.) – Farkas Károly professzort választották elnöknek. Ugyanitt Haranghy László akadémikust alelnökké választották. Ezen az ülésen Schmitt Pál javasolta a Weszprémi István Emlékérem megalapítását, mint az orvostörténeti kutatás legmagasabb hazai elismerését. (Ennek érdekében 10 ezer forintot helyezett letétbe.)

Az Orvostörténeti Szakcsoport előadásait az Orvostörténeti Könyvtárral közösen rendezte meg, illetve a Könyvtár folytatta eddigi előadássorozatát, csak a Szakcsoport bevonásával. Minden évben vándorgyűlést rendezett, amelynek témáját előre kijelölték és az ország különböző, orvostörténeti szempontból fontos városban rendezték meg. Az első vándorgyűlés 1958-ban Szombathelyen és Sárváros, 1959-ben Debrecenben és Sárospatakon, a harmadikat 1960-ban Budapesten és a negyediket 1961-ben Pécsett és Siklóson rendezték meg. Ezután már nem került sor ilyen rendezvényre, bár 1962-ben Budapesten Apáthy István symposiumot tartottak. A Szakcsoport 1964-ben Semmelweis-üléssel bekapcsolódott a Semmelweis Ház átadása alkalmából, majd ezt tette 1965-ben a Semmelweis halálának centenáriuma alkalmából rendezett Nagyhéten. 1966-ban már nem került sor semmiféle országos résztvételű rendezvényre, mivel megalakult a MOTESz (Magyar Orvostársaságok és Egyesületek Szövetsége), amelynek keretén belül – a Szakcsoport helyébe – megalakult a Magyar Orvostörténeti Társaság.

A Magyar Orvostörténeti Társaság 1965 novemberében történt megalakulása, illetve a Magyar Orvostudományi Társaságok és Egyesületek Szövetségébe 1966. április 29.-én történt hivatalos felvétele egy jelentős korszakot zárt le. Valóban a Szakcsoport egy adott korszak adta legjobb lehetőség volt, a tudományos társasági élet szerveződésének olyan formáját adta, ami addig és később is idegen volt a hazai tudományos életben. A furcsaságát az adta, hogy egy érdekvédelmet jelentő szakszervezeten belül teremtették meg a tudományos társasági élet lehetőségét, természetesen más követelményekhez igazították a tudományos élet szerveződését, nemzetközi kapcsolatait stb. Az Orvostörténeti Szakcsoporttal kapcsolatos iratokból kitűnik, hogy a vezetőség függött a „Szakszervezettől”, igyekeztek kedvükbe járni, összeköttetéseiken át próbálták javaslatukat megerősíteni. Természetesen voltak, akik ebben a közegben jól „mozogtak”: ilyen volt Bencze József – függetlenül az orvostörténelemért tett jelentős szakirodalmi és szervezetői tevékenységétől – is, aki tagja volt a Szakszervezet vezetőségének, jó kapcsolatban állt egyes befolyásos vezetővel, de amikor megszűnik ez a forma, talajt vesztetté válik. A Magyar Orvostörténeti Társaság a MOTESZ alapszabályzatában rögzített feltételeknek megfelelően 1966. június 23.-án tisztújítást hajtott végre, Farkas Károly elnököt Bencze József váltja fel, különben marad a régi vezetőség. (Farkas Károly professzort más társaság is elnökének választotta, így több helyen nem lehetett elnök.) Bencze József hamarosan (1966. augusztus 9-én) megvált az elnöki tisztségtől, betegségére és idős korára hivatkozott, de már idegennek érezte a MOTESZ „világát”. Bencze József sokat tett az orvostörténelem társasági és intézményes formáinak megteremtéséért, jeles kutató és szervező volt. Érdemei elévülhetetlenek, minden sértődés nélkül állt félre. Helyét Szodoray Lajos professzor, a Debreceni Orvostudományi Egyetem bőrgyógyászati klinikájának igazgatója, tanszékvezető egyetemi tanár vette át, aki régi szervezője volt a hazai orvostörténeti társasági életnek, a Debrecenben tartott nagygyűlés elnöke, Weszprémi-emlékérmes kutató volt. Valójában a Magyar Orvostörténeti Társaság hivatalos és bejegyzett megalakulásával egy jelentős korszak záródott le és majd a Múzeum és Könyvtár egyesítésével megalakult Semmelweis Orvostörténeti Múzeum és Könyvtárral egy újabb korszak indulását jelképezni.

Az 1966 után újjászervezett hazai orvostörténeti életben továbbra sem szerepelt a kötelező egyetemi orvostörténeti oktatás, csupán szabadon választott tárgy lett, speciális kollégiumban oktatták. Nem jelentett eredményt, hogy 1968-ban a MTA orvosi tudományok osztálya alá rendelt szakbizottságok között nem szerepelt az orvostörténelem, Haranghy László akadémikust, a bizottság elnökét az „orvostörténelem” képviseletével beosztották a Társadalomegészségügyi és Egészségügy-szervezési Bizottságba, amiért megsértődött és lemondott a Magyar Orvostörténelmi Társaság vezetőségi tagságáról és hivatalosan is feladta orvostörténeti kutatásait. A hazai tudományos életben ez valóban „fontossági veszteség” lett, amit részben kiegyenlített, hogy az Egészségügyi Minisztériumban működött Egészségügyi Tudományos Tanácson belül – Sós József akadémikus vezetésével – orvostörténeti munkabizottság alakult, ami e szakterület hivatali és tudományos tevékenységét, illetve folyóirat- és könyvkiadását, tudományos kutatási programjait pénzügyileg biztosította.

Az orvostörténelem egyetemi oktatásának hiányában a hazai orvostörténeti élet szervezője a Magyar Orvostörténelmi Társaság és a Semmelweis Orvostörténeti Múzeum, Könyvtár és Levéltár lett. Az utóbbi, mint „bázisintézet” megteremtette a hazai orvos- és gyógyszerészeti múlt tárgyi, könyvtári és levéltári gyűjteményeinek egységét, az 1970-es években a „védett patikák” hálózatából országos szakmúzeumi hálózatot szervezett, otthont adott a Magyar Orvostörténelmi Társaságnak és különböző szakudományi bizottságoknak, ezen keresztül is gyakorlati szervezője lett a tudományos életnek, a kutatásoknak, a szakkönyvek kiadásának, természetesen kiadta az Orvostörténelmi Közleményeket. Az intézet felhatalmazásaiból és a Magyar Orvostörténelmi Társaság adta lehetőségek kihasználásával bekapcsolódott az orvos- és gyógyszerészettörténelem európai és nemzetközi életébe. 1974-ben Budapesten rendezték meg a XXII. Nemzetközi Orvostörténelmi Kongresszust, 1981-ben a Nemzetközi Gyógyszerészet-történeti Kongresszust, ami elismerése lett a magyar orvos- és gyógyszerészet-történeti köz- és tudományos életnek. Talán ennek is köszönhető, hogy 1980-ban a Semmelweis Orvostudományi Karon belül – a társadalomorvostani intézeten belül – helyet kapott az orvostörténelem oktatása, dr. Schultheisz Emilt egyetemi tanárrá nevezték ki, így hosszú idő után ismét egyetemi „tárgy” lett az orvostörténelem.1