Magyarországon „az Intézeti Múzeum” nyomait már a 18. században, a nagyszombati, majd a fővárosba áthelyezett egyetem orvosi karán is felfedezhetjük. A tudatos, múzeumalapítás felé tett első lépés a Budapesti Királyi Orvos-egyesületben történt meg. 1901-ben Hőgyes Endre (1847–1906) tervezetet nyújtott be az Egyesület Igazgató Tanácsának, amelyben a magyar orvostörténelem pusztuló tárgyi emlékeit és írott dokumentumait kívánta ilyen szervezett keretben megóvni az utókornak. A gyűjtemény létrehozásával az Orvosegyesület nagy kötetszámú, ritka és értékes könyveket, tartalmazó könyvtárát kívánta kiegészíteni. Az orvostörténelem művelését az Orvosegyesület több tagja már évek óta elismert sikerrel gyakorolta az egyesületben tartott előadások, illetve publikációik formájában.

1904. szeptember 15-én Temesváry Rezső (1864–1944) ismételten az Igazgató Tanács elé vitte az ötletet. A tervezet lényegének fontosságát azzal hangsúlyozta, hogy egy ilyen szakmatörténeti gyűjtemény létrehozása az orvostársadalom feladata, mivel az anyag gyűjtése, meghatározása orvosi ismereteket is igényel, amivel az egyébként magas tudású és képzett történész – muzeológus nem rendelkezik. Aggasztónak festette le a helyzetet, mert a medicina emlékei az általános gyűjtőkörű múzeumokon belül „perifériára” kerültek, szisztematikus gyűjtésüket Egy Múzeum, könyvtár vagy levéltár sem tartja elsőrendű kötelességének. A javaslatot megvitatásra az éves közgyűlés elé terjesztették, ennek eredményeként Hőgyes Endre vezetésével, id. Elischer Gyula, Tóth Lajos, Temesváry Rezső és Győry Tibor tagokkal, orvostörténeti különbizottság alakult a múzeum tervének kidolgozására. A gyűjtőkört 1850-ig állapították meg a magyar orvoslás történetének teljességét tartalmazó anyagra, de az Orvosegyesület elhunytjainak iratanyagát és szakmai emlékeit is meg kívánták őrizni. A tényleges szervezőmunkát – mint „a múzeum őre” – Győry Tibor végezte. Az Orvosegyesület székházában egy helyiséget átengedtek erre a célra, az évi költségvetésben pedig 500 koronát biztosítottak a múzeum fejlesztésére.

1905 áprilisában az Orvostörténeti Szakbizottság felhívással fordult az orvosokhoz, hogy tárgyi adományokkal gazdagítsák a gyűjteményt. Rövid időn belül 43 orvos adományozott értékes tárgyi anyagot a múzeumnak (többek között Politzer Alfréd, Grósz Emil, Balassa János, Markusovszky Lajos, Lumniczer Sándor). Az állandó kiállítás 1909 augusztusában nyílt meg a XIV. Nemzetközi Orvosi Kongresszus alkalmából. Bár a háborús évek alatt a költségvetés csökkent, a gyűjtőkör időhatárait megnövelték a századfordulóig, sőt bizonyos háborús, hadiorvoslási emlékeket is begyűjtöttek.

Id. Nékám Lajos (1868–1957) javasolta, hogy országos jellegűvé fejlesszék a múzeumot. Az elkészült tervezetben szerepelt, hogy egészségügyi emlékanyagot és a gyógyszerészet történetére vonatkozó anyagot is gyűjtsenek. Az intézmény nevéül a Magyar Orvostörténelmi Múzeum és Könyvtár megnevezést javasolták. A munkatársak személyi összetételére vonatkozó elképzelés az volt, hogy az orvosok mellett történészeket, könyvtárosokat, levéltárosokat és muzeológusokat is alkalmazzanak. Az egyes gyűjteményi egységekben elhelyezett tárgyak rendszerét is meghatározta a tervezet.

A javaslatot felterjesztették a belügy-, valamint a vallás- és közoktatásügyi miniszterhez, hogy a két tárca közösen vállalja a terheket. A vallás- és közoktatási miniszter az orvoskari testület elé terjesztette a tervet véleményezésre. Az egyetem 1918. júniusában jóváhagyta a gyűjtőkört (magyar és egyetemes tárgyi, könyv és levéltári dokumentumok), a szervezeti felépítést (Múzeum, könyvtár, levéltár) és a munkatársi gárda összeállítását egyaránt. A miniszterhez való ismételt felterjesztés után azonban, az anyagi nehézségekre való hivatkozással megvalósíthatatlannak ítélték meg a komplex intézmény létrehozását. Így a két világháború közötti évtizedekben az Orvosegyesület Orvostörténeti Múzeuma maradt az egyetlen olyan intézmény, amely szervezetten foglalkozott az orvoslás történetének gondozásával, a tárgyi emlékek felkutatásával és megőrzésével. A második világháború alatt ez a gyűjtemény is károkat szenvedett, az Orvosegyesület hivatalos feloszlatása után (1948) nem volt a gyűjteménynek gazdája. Az anyagból az Egészségügyi Szakszervezet 1948-ban időszaki kiállítást szervezett, majd 1950-ben Szombathelyen állították ki a gyűjtemény egy részét, hogy felhívják a figyelmet az országban fellelhető emlékek megmentésére.

Az Orvostörténeti Múzeum-ügy új fejezete kezdődött 1952-ben, amikor az egy éve megszervezett Országos Orvostörténeti Könyvtár átvette az Orvosegyesület könyvtári és múzeumi gyűjteményét, utóbbit is meglehetősen megcsappant állománnyal. A Könyvtár működésének kezdeti éveiben nem csak feldolgozta az átvett tárgyi anyagot, de további értékes szerzeményekkel is gazdagították a körvonalazódó Múzeumot (fürdőpoharak, patikaedények stb.). 1958-ban indult meg a mai Semmelweis Orvostörténeti Múzeum létrehozásának előkészítése. Múzeumi bizottság alakult, jogszabályt alkottak az egészségügy muzeális anyagának kötelező bejelentésére, illetve begyűjtésére vonatkozóan. A főváros vezetése 1962-ben – múzeumi célra – átengedte az Egészségügyi Minisztériumnak Semmelweis Ignác romokban álló tabáni szülőházát. A helyreállítások után 1964. október 12-én vehette birtokba az épületet a Semmelweis Orvostörténeti Múzeum. Az első állandó kiállítás 1965-ben nyílt meg Képek a gyógyítás múltjából címmel. Az állandó kiállítást az időszaki kiállítások sora egészítette ki az évtizedek folyamán, amelyek egy-egy orvosi szakág, részterület történetéhez, jelentős évfordulókhoz kapcsolódtak.

A múzeumi gyűjteményekben nem csupán az orvoslás és gyógyszerészet műveléséhez szorosan kapcsolódó tárgyi emlékek találhatók, de a természettudományok egyéb területeihez tartozók is (ásványtan, botanika), továbbá néprajzi, orvos-numizmatikai, valamint a témájukban az orvos- és gyógyszerészet-történethez kapcsolható ipar- és képzőművészeti alkotások is.

Az intézmény tovább bővült, amikor 1974-ben megnyílt a budai Várban az 1687-es alapítású Arany Sas patika helyreállított falai között az Arany Sas Patikamúzeum gyógyszerészet-történeti állandó kiállítása. 1