A reformkorban megszületett a magyar orvosi szaksajtó (1831), amelyben vita folyt a hazai orvosi ellátás új formáinak kialakításáról, az állam és az orvos viszonyának újra rendezéséről, az orvos helyzetének javításáról stb. Ekkor teremtődnek meg azon orvosegyesületek (elsőnek 1837-ben a bp.-i kir. Orvosegyesület), amelyek nemcsak az orvosi szakmai társasági élet alapjai lettek, hanem szolgálták a szakmai továbbképzést és szakmai érdekvédelmet is. A „jövőkép” nem volt egységes: a reformkor szellemének megfelelően az európai modellek megteremtését a törvényalkotásban látták, bár tudatában voltak annak, hogy az országgyűlés előtt sokkal fontosabb kérdések vannak, mint egy egészségügyi reform kimunkálása.

Az 1848-as márciusi forradalom, az első felelős magyar kormány megalakulása után egy fiatal orvosi nemzedék új reform programmal lépett elő: a hazai orvostársadalom számára 1848 tavasza nemcsak a közjog változását, hanem a reformok megfogalmazását és magvalósítását is jelentette. A kormány megalakulása (XIX. Tc.) az egyetemet a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium felügyelete alá helyezte, de egyben kimondta az egyetem önkormányzatát, a tanszabadságot, a cenzúra eltörlését, s mindez valóban szabad utat engedett az orvosképzés reformjához. Az orvos igazgatás új formájában (az Ipar-kereskedelem és Földművelésügyi Minisztérium felügyelete alatt) nemcsak e terület lett valóban közigazgatási feladat, de lehetőség nyílt az érdekvédelem, a szakmai képviselet kiformálására. Az orvosképzés reformja megszüntette volna a korszerűtlen hároméves sebészképzést, újabb tanszékeket, klinikákat szervezett volna, nagyobb szerepet adott a professzori testületnek és az egyetemi tanszemélyzetnek. Az egyetemhez közvetlenül nem kötődő orvosoknak külön testületet akart szervezni.

1848 áprilisában dolgozta ki egy bizottság Kovács Sebestyény Endre összeállításában „Az álladalmi orvosi és közegészségi ügy rendezéséről” címet viselt tervezetet, amely ugyan megismételte az orvosképzés reformjának szükségességét, az orvosi igazgatás vonatkozásában a járási, városi és vármegyei igazgatási formákon és felépítésen nem akart változtatni, de az országot négy kerületre akarta tagolni, amelyek élén egy-egy főorvos állna, akik az országos igazgatásintéző minisztériumi munkát segítenék. A kijelölt minisztériumon belül orvosi osztályt szerveznének, de a szakmai kérdésekben járatlan miniszter munkáját a közegészségügyi és az igazságügyi orvosi szakbizottság segítené. Lényeges vonatkozása a tervezetnek, hogy a lakosság száma lenne a kötelező orvos alkalmazásának alapja (5000 fő után kell egy orvost alkalmazni) és nem helyhatóság (község, város stb.)

A hazai orvostársadalom az orvosképzés reformjával többségében egyetértettek, de az orvos igazgatás új szervezetében centralizációt, nyugati liberalizmus elveinek veszélyét látták. Nem ellenezték az országos orvosi bizottságok felállítását, azon egységes szakmai elvek megfogalmazását, amelyek alapján a helyi hatóságok az orvosokat alkalmazzák, védelmet nyújtsanak a helyhatóságok önkénye ellen. Az országos bizottságok felállítását országos elvek figyelembevételével akarták, nehogy ezek a „pesti kollégák bizottmánya” legyen. 1848. június. 12-re összehívták az országos értekezletet, ahol Magyar Orvosi Akadémia néven egységes érdekvédelmi szervezetet akartak alapítani, amire ugyan nem került sor, de az értekezlet eredménytelen lett, a szabadságharc eseményei miatt a tervezettek az országgyűlés sem foglalkozott, de alapul szolgált az 1876. évi törvény előkészítésében.

A magyar szabadságharc leverése után az ország egész területén bevezetett katonai közigazgatás felszámolta az 1848/1849-ben kiformált orvos-egészségügyi igazgatás kereteit, de nem hozta vissza az 1848 tavasza előtti állapotokat. A katonai közigazgatás keretei között kialakított egészségügyi irányítás végső soron a bécsi Belügyminisztérium, illetve a birodalmi Állami Egészségügyi Bizottság felügyelete alá tartozott. Már 1849 őszén e szervezetek rendelkezéseit hajtották végre a vármegyei és a helyi egészségügyi igazgatás vezetői. Franz Günthler birodalmi főorvos 1850 nyarán körutat tett Magyarországon, hogy előkészítse a helyi egészségügyi igazgatás és az orvosképzés beillesztését az osztrák birodalom egységes rendszerébe. Az 1852. október 20-án megjelent birodalmi belügyminiszteri rendelet értelmében a polgári egészségügyi közigazgatás mind az öt tartományi helytartósági kerületben szervezett egészségügyi hivatalon keresztül történt, amely élén orvos tisztviselők álltak. A kerületi egészségügyi hivatalok mellé egészségügyi bizottságokat szerveztek, amelyek tagjainak felét szakemberek (kerületi főorvosok, megyei főorvosok, járási orvosok stb.), katonaorvosok, gyógyszerészek, a másik felét igazgatási tisztviselők alkották. Az egészségügyi igazgatás keretében szervezett állásokat kinevezéssel töltötték be. A vármegyék – mint a kerületi egészségügyi hivatal alárendelt szervei – orvos-egészségügyi igazgatási apparátusa változatlan maradt, tisztségeit hasonlóan kinevezéssel töltötték be, de kötelező módon bevezették a járási és községi bába tisztségét. E birodalmi belügyminiszteri rendelet másik lényeges újdonsága, hogy kötelező módon bevezették a kör- és községi orvos tisztségét, amely független volt az adott közigazgatási egység lakosainak számától, 5000 lakosig legalább egy orvost kellett alkalmazni. A rendelet kötelező erejétől függetlenül sok helyen nem tudták betölteni az orvosi állásokat, de a rendszer reményt ébresztett a falvak és általában a vidék egészségügyi ellátásának javítására. Az orvosoktól megkövetelték a német nyelv ismeretét, igaz, a fizetésüket igen alacsony szinten állapították meg.

A kerületek egészségügyi hivatalai szakmai kérdésekben a pesti orvosi kar véleményét kérhették, míg a budai helytartóság viszont a Bp-i Kir. Orvosegyesületet vehette igénybe. A budai kerület egészségügyi igazgatási rendszerének kiépítésében elévülhetetlen érdemeket szerzett Tormay Károly főorvos, a szabadságharc egészségügyi igazgatásának egyik kiemelkedő szervezője. Tormay 1851-ben szabályozta az orvosi gyakorlat területeit, szigorúan fellépett a kuruzslás ellen és a kétes képesítéssel rendelkezőket eltiltotta a gyakorlattól. 1853-ban bevezette az új orvosi díjszabályzatot, a gyógyszerészeti ügyrendet és a járási orvosok felhatalmazást kaptak igazságügyi orvosi eljárások elvégzésére. 1856-ban szabályozták a közápolás- és a kórházügyet, szigorúan szétválasztották a szegénygondozást a kórházügytől. Bevezették a közkórház fogalmát, rendszeresen ellenőrizték – meghatározott szabályzatszerit – a kórházi gazdálkodást, egységes ápolási díjat vezettek be, ezzel egy időben bevezették a birodalmi kórházi szabályzatot és ügyrendet. 1856-ban Tormay Károly kapott megbízást egy országos kórházépítési program kidolgozására. Egy másik birodalmi rendelet értelmében minden helyhatóság állami alapból kölcsönt vehetett fel kórházépítési célra, illetve költségei kiegészítésére állami alapból támogatást kérhetett. Az országos kórházépítési program célul tűzött ki több állami kórház (Pozsonyban, Kolozsváron, Brassóban vagy Szebenben, Temesváron és Eszéken) felépítését, amelyek közül 1859-ben elkezdték a pozsonyi kórház építését (1863-ban fejeződött be). 1854-ben elrendelték a vidéki szemkórházak (megyei kórházakban ilyen osztályok) szervezését, ahol a szegénygondozási keretből kötelesek voltak mindenkit ellátni.

Jelentős lépések történtek az elmebetegek ügyében: 1858-ban az állami sorsjátékok jövedelmének felhasználásával megkezdődött a 200 ágyas nagyszebeni állami elmegyógyintézet, 1862-ben – ugyanilyen alapokból – a budai Lipótmezőn egy állami tébolyda építése, amelynek ingatlanát Buda városa biztosította. E rövid időszakban valóban látványos eredmények születtek a kórházügy és a betegellátás területén, de figyelembe kell venni, hogy ezek kormányzati rendelkezéseknek köszönhették megvalósulásukat. A szabadságharc előtt alig ezer kórházi férőhely létezett, amely a kiegyezés évére, négyezerre növekedett. A betegápolói szakszemélyzet biztosítása érdekében 1854-ben a kormányzat engedélyezte a szerzetes ápolók világi közkórházakban való működését.

A kialakított rendszert kevéssé módosította az 1860. évi Októberi Diploma után kialakult helyzet: rövid ideig a tisztségviselőket ismét a helyhatóságok választották, bár a községi és körorvosi rendszert nem számolták fel, az l850-es években kiadott rendeleteken, az egészségügyi ellátást, fejlesztő terveket éltben tartották. Az egész magyar orvostársadalom előtt olyan közegészségügyi rendszer megteremtése állt, amelyet az országgyűlés fogalmaz meg, mindenki számára kötelező törvényként jelenik meg. E tervezetet az országgyűlés előkészítő bizottsága 1866. június 24-én nyújtotta be a parlamentnek, de megvitatására csak a kiegyezés után került sor. Kidolgozásában rendkívül fontos szerepet játszott a pesti orvos iskola néven ismert, Balassa János köré tömörülő csoportosulás.

A neoabszolutizmus ugyan nem engedett a nemzeti követeléseknek, de eltűrte az értelmiségi élet bizonyos köreinek az újjászervezését és aktív életét. Működött a Magyar Tudományos Akadémia, a Természettudományi Társulat, az Orvosegyesület, 1857-ben Markusovszky megalapította az Orvosi Hetilapot, 1863-ban pedig létrehozta az orvosi könyvkiadó vállalatot. A Bach rendszer bukása után valóban magasra csaptak a patriotizmus lángja, ami érhető volt a hosszú elnyomatás után. Sokan jogos vagy vélt sérelmeik miatt a patriotizmus elveit kívánták meghonosítani a tudományos közéletben is. A konzervatívok között találjuk a magyar szabadságharcban részt vett orvosok legradikálisabb képviselőit, akiknek közös platformja az idegen orvosprofesszorok eltávolítása lett az orvosi karról. Lapjuk a Gyógyászat című Hetilap lett, Bugát Pál, Flór Ferenc, a reformkor és a szabadságharc legendás alakjai is körükhöz tartozott, bár alapelvekben egyetértettek, Bálássá-ék elképzeléseit idegen eredetűnek ítélték, nemzeti alapokon akarták mindazt, amit a pesti orvosi iskola külföldi tanulmányútjaikon szerzett ismereteik révén fogalmaztak meg.1

Az 1867-es kiegyezést Semmelweis már nem érte meg, Balassa ugyan ott volt az alkotmányos rend megszületésénél, de hirtelen meghalt. Az ország közegészségügyi programjait megfogalmazó Országos Közegészségügyi Tanács létrehozásában már csak Markusovszkynak, Korányinak és Lumniczernek volt szerepe, elévülhetetlen érdemeket szereztek a közegészségügyi törvény megfogalmazásában, a modern felsőoktatási törvény megteremtésében, az orvostudományi intézetek, köztük a második orvosi kar (Kolozsvárott) megalapításában.